Zentrum für Bioinformatik Universität des Saarlandes Modulhandbuch
by user
Comments
Transcript
Zentrum für Bioinformatik Universität des Saarlandes Modulhandbuch
Zentrum für Bioinformatik Universität des Saarlandes Modulhandbuch Bachelorstudiengang Bioinformatik Dezember 2011 Modulbeschreibungen Modul „Vorlesungen aus dem Bereich der mathematischen Grundlagen“ ................................... 2 Modul „Vorlesungen der angewandten Mathematik“ .................................................................. 14 Modul „Grundvorlesungen der Informatik“ .................................................................................. 16 Modul „Grundvorlesungen der Chemie und Biowissenschaften“ ................................................ 24 Modul „Vorlesungen der Biowissenschaften“ .............................................................................. 34 Modul „Veranstaltungen zum Erwerb von Schlüsselqualifikationen“ .......................................... 47 Modul „Vorlesungen der Bioinformatik“ ....................................................................................... 57 Modul „Praktikum der Informatik“ ................................................................................................ 67 Modul „Praktika der Biowissenschaften“ ..................................................................................... 69 Modul „Praktika der Bioinformatik“ .............................................................................................. 73 Modul „Proseminar“..................................................................................................................... 75 Modul „Bachelorseminar“ ............................................................................................................ 76 Modul „Bachelorarbeit“................................................................................................................ 77 Modul „Tutortätigkeit“ .................................................................................................................. 78 Modul „Sprachkurs“..................................................................................................................... 80 Modul „Auslandspraktikum/Industriepraktikum ........................................................................... 82 Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik, Universität des Saarlandes 1 Modul: Vorlesungen aus dem Bereich der mathematischen Grundlagen Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Mathematik für Informatiker 1 (MfI 1) ggf. Kürzel: M-B-1 ggf. Untertitel: ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Semester: 1. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Joachim Weickert Dozent(in): Prof. Dr. Joachim Weickert, Prof. Dr. Frank-Olaf Schreyer, Prof. Dr. Wolfram Decker Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Bioinformatik (BSc): 1. Semester, Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen aus dem Bereich der mathematischen Grundlagen“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS, Übungsgruppen mit bis zu 20 Studierenden Arbeitsaufwand: 270 h = 80 h Präsenz- und 190 h Eigenstudium Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Keine Lernziele / Kompetenzen: - Erarbeitung von mathematischem Grundlagenwissen, das im Rahmen eines Informatik- bzw. Bioinformatikstudiums benötigt wird - Fähigkeit zur Formalisierung und Abstraktion - Befähigung zur Aneignung weiteren mathematischen Wissens mit Hilfe von Lehrbüchern Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 2 Inhalt: Die Zahlen geben die Gesamtzahl der Doppelstunden an. DISKRETE MATHEMATIK UND EINDIMENSIONALE ANALYSIS A. Grundlagen der diskreten Mathematik (8) 1. Mengen(1) 2. Logik (1) 3. Beweisprinzipien, incl. vollst. Induktion (1) 4. Relationen (1) 5. Abbildungen (2) - injektiv, surjektiv, bijektiv - Mächtigkeit, Abzählbarkeit - Schubfachprinzip 6. Primzahlen und Teiler (1) 7. Modulare Arithmetik (1) B. Eindimensionale Analysis (22) B.1 Zahlen, Folgen und Reihen (8) 8. Axiomatik der reellen Zahlen, sup, inf (1) 9. Komplexe Zahlen (1) 10. Folgen (1 1/2) 11. Landau'sche Symbole (1/2) 12. Reihen: Konvergenzkriterien, absolute Kgz. (2) 13. Potenzreihen (1/2) 14. Zahlendarstellungen (1/2) 15. Binomialkoeffizienten und Binomialreihe (1) B.2 Eindimensionale Differentialrechnung (8) 16. Stetigkeit (1) 17. Elementare Funktionen (1) 18. Differenzierbarkeit (1 1/2) 19. Mittelwertsätze und L'Hospital (1/2) 20. Satz von Taylor (1) 21. Lokale Extrema, Konvexität, Kurvendiskussion (2) 22. Numerische Differentiation (1) B.3 Eindimensionale Integralrechnung (6) 23. Das bestimmte Integral (2) 24. Das unbestimmte Integral und die Stammfunktion (1) 25. Uneigentliche Integrale (1) 26. Numerische Verfahren zur Integration (1) 27. Kurven und Bogenlänge (1) Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 3 StudienPrüfungsleistungen: - Teilnahme an den Übungen und Bearbeitung der wöchentlichen Übungsaufgaben (50 Prozent der Übungspunkte werden zur Klausurteilnahme benötigt) - Bestehen der Abschlussklausur oder der Wiederholungsklausur Benotung: ja Medienformen: primär Tafelvorlesung, z.T. ergänzt durch Overheadund Laptoppräsentationen Literatur: - P. Hartmann: Mathematik für Informatiker. Vieweg, 2003. - M.P.H. Wolff, P. Hauck, W. Küchlin: Mathematik für Informatik und BioInformatik. Springer, 2004. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 4 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Mathematik für Informatiker 2 (MfI 2) ggf. Kürzel: M-B-2 ggf. Untertitel: ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Semester: 2. Semester Angebotsturnus: jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Joachim Weickert Dozent(in): Prof. Dr. Joachim Weickert, Prof. Dr. Frank-Olaf Schreyer, Prof. Dr. Wolfram Decker Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Bioinformatik (BSc): 2. Semester, Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen aus dem Bereich der mathematischen Grundlagen“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS, Übungsgruppen mit bis zu 20 Studierenden Arbeitsaufwand: 270 h = 80 h Präsenz- und 190 h Eigenstudium Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: MfI 1 (empfohlen) Lernziele / Kompetenzen: - Erarbeitung von mathematischem Grundlagenwissen, das im Rahmen eines Informatik- bzw. Bioinformatikstudiums benötigt wird - Fähigkeit zur Formalisierung und Abstraktion - Befähigung zur Aneignung weiteren mathematischen Wissens mit Hilfe von Lehrbüchern Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 5 Inhalt: Die Zahlen geben die Gesamtzahl der Doppelstunden an. ALGEBRAISCHE STRUKTUREN UND LINEARE ALGEBRA C. ALGEBRAISCHE STRUKTUREN (5) 29. Gruppen (2) 30. Ringe und Körper (1) 31. Polynomringe über allgemeinen Körpern (1/2) 32. Boole'sche Algebren (1/2) D. LINEARE ALGEBRA (21) 33. Vektorräume (2) - Def., Bsp., - lineare Abb. - Unterraum, - Erzeugnis, lineare Abhängigkeit, Basis, Austauschsatz 34. Lineare Abb. (Bild, Kern) (1) 35. Matrixschreibweise für lineare Abbildungen (1 1/2) - Interpretation als lineare Abbildungen - Multiplikation durch Hintereinanderausführung - Ringstruktur - Inverses 36. Rang einer Matrix (1/2) 37. Gauss-Algorithmus für lineare Gleichungssysteme: (2) - Gausselimination (1) - Lösungstheorie (1) 38. Iterative Verfahren für lineare Gleichungssysteme (1) 39. Determinanten (1) 40. Euklidische Vektorräume, Skalarprodukt (1) 41. Funktionalanalytische Verallgemeinerungen (1) 42. Orthogonalität (2) 43. Fourierreihen (1) 44. Orthogonale Matrizen (1) 45. Eigenwerte und Eigenvektoren (1) 46. Eigenwerte und Eigenvektoren symmetrischer Matrizen (1) 47. Quadratische Formen und positiv definite Matrizen (1) 48. Quadriken (1) 50. Matrixnormen und Eigenwertabschätzungen (1) 51. Numerische Berechnung von Eigenwerten und Eigenvektoren (1) Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 6 StudienPrüfungsleistungen: - Teilnahme an den Übungen und Bearbeitung der wöchentlichen Übungsaufgaben (50 Prozent der Übungspunkte werden zur Klausurteilnahme benötigt) Bestehen der Abschlussklausur oder der Nachklausur Die Nachklausur findet innerhalb der letzten beiden Wochen vor Vorlesungsbeginn des Folgesemesters statt. Medienformen: primär Tafelvorlesung, z.T. ergänzt durch Overheadund Laptopräsentationen Literatur: - P. Hartmann: Mathematik für Informatiker. Vieweg, 2003. M.P.H. Wolff, P. Hauck, W. Küchlin: Mathematik für Informatik und BioInformatik. Springer, 2004. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 7 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Mathematik für Informatiker 3 (MfI 3) ggf. Kürzel: M-B-3 ggf. Untertitel: Wahrscheinlichkeitstheorie und Statistik ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Semester: 3. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Joachim Weickert Dozent(in): Prof. Dr. Joachim Weickert, Prof. Dr. Frank-Olaf Schreyer, Prof. Dr. Wolfram Decker Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Bioinformatik (BSc): 3. Semester, Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen aus dem Bereich der mathematischen Grundlagen“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Übungsgruppen mit bis zu 20 Studierenden Arbeitsaufwand: 270 h = 80 h Präsenz- und 190 h Eigenstudium Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: MfI 1 + MfI 2 (empfohlen) Lernziele / Kompetenzen: - Erarbeitung von mathematischem Grundlagenwissen, das im Rahmen eines Informatik- bzw. Bioinformatikstudiums benötigt wird - Fähigkeit zur Formalisierung und Abstraktion - Befähigung zur Aneignung weiteren mathematischen Wissens mit Hilfe von Lehrbüchern Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 8 Inhalt: Die Zahlen geben die Gesamtzahl der Doppelstunden an. STOCHASTIK, NUMERIK UND MEHRDIMENSIONALE ANALYSIS E. NUMERISCHE ERGÄNZUNGEN (3) 52. Banachscher Fixpunktsatz (1) 53. Interpolation, incl. Splines (2) F. MEHRDIMENSIONALE ANALYSIS UND NUMERIK (11) 54. Stetigkeit und Differentialoperatoren für skalarwertige Funktionen (2) 55. Differentialoperatoren für vektorwertige Funktionen (1) 56. Totale Differenzierbarkeit (1/2) 57. Mittelwertsatz und Satz von Taylor (1 1/2) 58. Extrema von Funktionen mehrerer Variabler (1) 59. Das Newton-Verfahren (1) 60. Extrema mit Nebenbedingungen (1) 61. Mehrfachintegrale (1) 62. Die Umkehrfunktion und die Transformationsregel (1) 63. Variationsrechnung (1) G. STOCHASTIK (16) 64. Grundbegriffe (Ws., Stichprobenraum) (1/3) 65. Kombinatorik (2/3) 66. Erzeugende Funktionen (1) 67. Bedingte Wahrscheinlichkeiten (1) 68. Zufallsvariable, Erwartungswert, Varianz (2) (Systemzuverlässigkeit, Varianz, Kovarianz, Jensen) 69. Abschätzungen für Abweichungen vom Mittelwert (1) (Momente, Schranken von Markov, Chebyshev, Chernoff, schwaches Gesetz der großen Zahlen) 70. Wichtige diskrete Verteilungen (1) 71. Wichtige kontinuierliche Verteilungen (1) (incl. Zentraler Grenzwertsatz) 72. Multivariate Verteilungen und Summen von Zufallsvariablen (1) 73. Parameterschätzung und Konfidenzintervalle (1) 74. Hypothesentests (1) 75. Methode der kleinsten Quadrate (1) 76. Robuste Statistik (2/3) 77. Fehlerfortpflanzung (1/3) 78. Markowketten (2) 79. Pseudozufallszahlen und Monte-Carlo-Simulation (1) Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 9 StudienPrüfungsleistungen: - Teilnahme an den Übungen und Bearbeitung der wöchentlichen Übungsaufgaben (50 Prozent der Übungspunkte werden zur Klausurteilnahme benötigt) Bestehen der Abschlussklausur oder der Nachklausur Die Nachklausur findet innerhalb der letzten beiden Wochen vor Vorlesungsbeginn des Folgesemesters statt. Medienformen: primär Tafelvorlesung, z.T. ergänzt durch Overheadund Laptopräsentationen Literatur: - P. Hartmann: Mathematik für Informatiker. Vieweg, 2003. M.P.H. Wolff, P. Hauck, W. Küchlin: Mathematik für Informatik und BioInformatik. Springer, 2004. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 10 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Analysis 1 ggf. Kürzel: M-B-4 ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Angebotsturnus: jedes Semester Modulverantwortliche(r): Professoren Albrecht, Eschmeier, Fuchs, Groves Dozent(in): Dozenten der Mathematik Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen aus dem Bereich der mathematischen Grundlagen“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 270 h = 90 h Präsenz- und 180 h Eigenstudium Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Abiturkenntnisse Lernziele / Kompetenzen: Beherrschung der grundlegenden Begriffe, Methoden und Techniken der Analysis von Funktionen einer Veränderlichen, sowie die Fähigkeit, diese zum Lösen von Problemen einzusetzen (auch unter Benutzung von Computern). Inhalt: - Mengen, Abbildungen, vollständige Induktion - Zahlbereiche: QRC - Konvergenz, Supremum, Reihen, absolute Konvergenz, Umordnung - Funktionen, Stetigkeit, Differenzierbarkeit, spezielle Funktionen - Riemannintegral, Hauptsatz der Differential- und Integralrechnung - Taylorformel, optional: Fourierreihen Benotung: ja, Note der schriftlichen bzw. der mündlichen Abschlussprüfung, (Bekanntgabe des Modus zu Beginn der Vorlesung). StudienPrüfungsleistungen Medienformen: Literatur: Bekanntgabe jeweils vor der Vorlesung auf der Vorlesungsseite im Internet. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 11 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Lineare Algebra 1 ggf. Kürzel: M-B-5 ggf. Untertitel: ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Semester: Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Professoren Decker, Gekeler, Schreyer, Schulze-Pillot Dozent(in): Dozenten der Mathematik Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen aus dem Bereich der mathematischen Grundlagen“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 270 h = 90 h Präsenz- und 180 h Eigenstudium Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: keine Lernziele / Kompetenzen: Fähigkeit, abstrakte algebraische Begriffsbildung zu verstehen und zum Lösen von Problemen in erschiedenen Kontexten einzusetzen; insbesondere Beherrschung der Begriffe und Methoden der Linearen Algebra, Anwendung zur Problemlösung unter Benutzung von Hilfsmitteln wie etwa Programmpaketen zur Computeralgebra. Inhalt: - Mengenlehre und grundlegende Beweisverfahren, vollständige Induktion - Algebraische Grundbegriffe: Gruppen, Ringe, Körper - Vektorräume, Basis, Dimension, Koordinaten, Lineare Gleichungssysteme, Matrizen, lineare Abbildungen, Basiswechsel, Gauß-Algorithmus, invertierbare Matrizen - Äquivalenzrelation und Kongruenzen, Quotientenvektorraum, Homomorphiesatz - Operation von Gruppen auf Mengen, Symmetrie- und Permutationsgruppen - Determinante, Entwicklungssätze, Cramersche Regel Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 12 - Endomorphismen, Eigenwerte, Polynome, Diagonalisierbarkeit - Skalarprodukte und Orthogonalität, Gram-Schmidt-Verfahren - Symmetrische, Hermitesche Matrizen, deren Normalform, orthogonale und unitäre Matrizen, positiv definit, Hurwitzkriterium - Hauptachsentransformation, metrische und affine Klassifikation von Quadriken, Sylvesters Trägheitssatz StudienPrüfungsleistungen: Note der schriftlichen bzw. der mündlichen Abschlussprüfung (Bekanntgabe des Modus zu Beginn der Vorlesung). Medienformen: Literatur: Bekanntgabe jeweils vor Beginn der Vorlesung auf der Vorlesungsseite im Internet. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 13 Modul: Vorlesungen der angewandten Mathematik Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Praktische Mathematik ggf. Kürzel: A-B-1 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Praktische Mathematik 1 Übung Praktische Mathematik 1 Semester: 3. Semester Bachelor Angebotsturnus: jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Professoren John, Louis, Rjasanow Dozent(in): Dozenten der Mathematik Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der angewandten Mathematik“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 270 h = 90 h Präsenz- und 180 h Eigenstudium und Bearbeitung der Übungsaufgaben Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Inhaltlich baut das Modul „Praktische Mathematik“ auf den Modulen „Analysis 1“, „Lineare Algebra 1“ und „Modellierung/Programmierung“ auf. Lernziele / Kompetenzen: Beherrschung der grundlegenden Begriffe, Methoden und Techniken der numerischen Mathematik für die Lineare Algebra und die Analysis. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 14 Inhalt: • • • • • • Fehlerrechnung Lineare Gleichungssysteme Eigenwertprobleme Interpolation Numerische Integration Nichtlineare Gleichungssysteme StudienPrüfungsleistungen: Schriftliche oder mündliche Prüfung (Bekanntgabe des Modus zu Beginn der Vorlesung). Medienformen: Vorlesung an der Tafel Literatur: Bekanntgabe jeweils zu Beginn der Vorlesung auf der Vorlesungsseite im Internet. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 15 Modul: Grundvorlesungen der Informatik Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Programmierung 1 ggf. Kürzel: I-B-1 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Programmierung 1 Übung: Programmierung 1 Semester: 1. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Gert Smolka Dozent(in): Prof. Dr. Gert Smolka, Prof. Dr. Andreas Podelski Prof. Dr.-Ing. Holger Hermanns Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Informatik“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Übungsgruppen mit bis zu 20 Studierenden Arbeitsaufwand: 270 h = 80 h Präsenz- und 190 h Eigenstudium und Bearbeitung der Übungsaufgaben Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: keine Lernziele / Kompetenzen: - höherstufige, getypte funktionale Programmierung anwenden können Verständnis rekursiver Datenstrukturen und Algorithmen, Zusammenhänge mit Mengenlehre Korrektheit beweisen und Laufzeit abschätzen Typabstraktion und Modularisierung verstehen Struktur von Programmiersprachen verstehen einfache Programmiersprachen formal beschreiben können einfache Programmiersprachen implementieren können anwendungsnahe Rechenmodelle mit maschinennahen Rechenmodellen realisieren können Praktische Programmiererfahrung, Routine im Umgang mit Interpretern und Übersetzern Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 16 Inhalt: - StudienPrüfungsleistungen: - Funktionale Programmierung Algorithmen und Datenstrukturen (Listen, Bäume, Graphen; Korrektheitsbeweise; asymptotische Laufzeit) Typabstraktion und Module Programmieren mit Ausnahmen Datenstrukturen mit Zustand Struktur von Programmiersprachen (konkrete und abstrakte, Syntax, statische und dynamische Syntax) Realisierung von Programmiersprachen (Interpreter, virtuelle Maschinen, Übersetzer) zwei Klausuren (Mitte und Ende der Vorlesungszeit) Die Note wird aus den Klausuren gemittelt und kann durch Leistungen in den Übungen verbessert werden. Eine Nachklausur findet innerhalb der letzten beiden Wochen vor Vorlesungsbeginn des Folgesemesters statt Medienformen: Tafelvortrag, Papier (Script und Übungsblätter), Übungen am Computer Literatur: Gert Smolka, Programmierung – Eine Einführung in die Informatik mit Standard ML, Oldenbourg Wissenschaftsverlag 2008 Skript zur Vorlesung; siehe auch Literaturliste vom WS 02/03: http://www.ps.uni-sb.de/courses/prog-ws02/literatur.html Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 17 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Programmierung 2 ggf. Kürzel: I-B-2 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Programmierung 2 Übung: Programmierung 2 Semester: 2. Semester Angebotsturnus: jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Andreas Zeller Dozent(in): Prof. Dr. Andreas Zeller und andere Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Informatik“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 2 SWS Übung: 4 SWS Übungsgruppen mit bis zu 20 Studierenden Arbeitsaufwand: 270 h = 45 h Präsenz- und 225 h Eigenstudium und Bearbeitung der Übungsaufgaben Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Programmierung 1 Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden lernen die Grundprinzipien der imperativen /objektorientierten Programmierung kennen. Dabei wird primär Java als Programmiersprache verwendet. In dieser Vorlesung lernen sie: - mittelgroße objektorientierte Systeme in Java zu implementieren und zu testen - kleinere, wohlstrukturierte Programme in C++ zu schreiben - im Wesentlichen als Umsetzung/Übersetzung der entsprechenden JavaKonzepte - sich in wenigen Tagen eine neue imperative/objektorientierte Sprache anzueignen, um sich in ein bestehendes Projekt einzuarbeiten Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 18 Inhalt: - Objekte und Klassen - Klassendefinitionen - Objektinteraktion - Objektsammlungen - Objekte nutzen und testen - Vererbung - Dynamische Bindung - Fehlerbehandlung - Graphische Oberflächen - Klassendesign und Modularität - Objekte in C++ - Systemnahe Programmierung sowie spezifische Vorlesungen für die Programmieraufgaben. StudienPrüfungsleistungen: Prüfungsleistungen werden in zwei Teilen erbracht, die zu gleichen Teilen in die Endnote eingehen. Um die Gesamtveranstaltung zu bestehen, muss jeder Teil einzeln bestanden werden. Im Praktikumsteil müssen die Studierenden eine Reihe von Programmieraufgaben selbstständig implementieren. Diese Programmieraufgaben ermöglichen das Einüben der Sprachkonzepte und führen außerdem komplexere Algorithmen und Datenstrukturen ein. Automatische Tests prüfen die Qualität der Implementierungen. Die Note des Praktikumsteils wird maßgeblich durch die Testergebnisse bestimmt. Im Vorlesungsteil müssen die Studierenden eine Klausur absolvieren und Übungsaufgaben bearbeiten. Die Aufgaben vertiefen dabei den Stoff der Vorlesung. Die Zulassung zu der Klausur hängt von der erfolgreichen Bearbeitung der Übungsaufgaben ab. Im Praktikumsteil kann eine Nachaufgabe angeboten werden; im Vorlesungsteil eine Nachprüfung. Hiermit können Studierende nachträglich die Veranstaltung bestehen. Medienformen: Vorlesung: Folien + Lehrbücher + Tafel Übungen: Programmieraufgaben am Computer, Übungsaufgaben auf Papier und in Gruppen an der Tafel Literatur: Java - David J. Barnes & Michael Kölling: Java lernen mit BlueJ - Bruce Eckel: Thinking in Java - Joshua Bloch, Effective Java C++ - Mark Allen Weiss: C++ for Java programmers Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 19 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Grundzüge der Theoretischen Informatik ggf. Kürzel: I-B-3 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Grundzüge der Theoretischen Informatik Übung: Grundzüge der Theoretischen Informatik Semester: 3. oder 5. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Raimund Seidel Dozent(in): Prof. Dr. Bernd Finkbeiner, Prof. Dr. Kurt Mehlhorn, Prof. Dr. W.J. Paul, Prof. Dr. Raimund Seidel, Prof. Dr. Reinhard Wilhelm Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Informatik“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Übungsgruppen mit bis zu 20 Studierenden Arbeitsaufwand: 270 h = 80 h Präsenz- und 190 h Eigenstudium und Bearbeitung der Übungsaufgaben Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Programmierung 1 und 2, MfI 1 und 2 (empfohlen) Lernziele / Kompetenzen: - Die Studierenden kennen verschiedene Rechenmodelle und ihre relativen Stärken und Mächtigkeiten. - Sie können für ausgewählte Probleme zeigen, ob diese in bestimmten Rechenmodellen lösbar sind oder nicht. - Sie verstehen den formalen Begriff der Berechenbarkeit wie auch der Nicht-Berechenbarkeit. - Sie können Probleme aufeinander reduzieren. - Sie sind vertraut mit den Grundzügen der Ressourcenbeschränkung (Zeit, Platz) für Berechnungen und der sich daraus ergebenden Komplexitätstheorie. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 20 Inhalt: - Die Sprachen der Chomsky Hierarchie und ihre verschiedenen Definitionen über Grammatiken und Automaten; Abschlusseigenschaften; Klassifikation von bestimmten Sprachen („Pumping lemmas“) - Determinismus und Nicht-Determinismus - Turing Maschinen und äquivalente Modelle von allgemeiner Berechenbarkeit (z.B. µ-rekursive Funktionen, Random Access Machines) - Reduzierbarkeit, Entscheidbarkeit, Nicht-Entscheidbarkeit; - Die Komplexitätsmaße Zeit und Platz; die Komplexitätsklassen P und NP; Grundzüge der Theorie der NP-Vollständigkeit StudienPrüfungsleistungen: - Erfolgreiche Bearbeitung der Übungsaufgaben; - Bestehen von Zwischentests und einer Abschlussklausur - Benotung: Ja - Die Note ergibt sich aus den Tests und dem Klausurergebnis. - Eine Nachklausur findet innerhalb der letzten beiden Wochen vor Vorlesungsbeginn des Folgesemesters statt. Medienformen: Tafelvortrag und Präsentationen mit Laptop / Beamer Literatur: - Ingo Wegener: Theoretische Informatik - eine algorithmenorientierte Einführung. Harry R. Lewis, Christos H. Papadimitriou: Elements of the Theory of Computation John E. Hopcroft, Rajeev Motwani, Jeffrey D. Ullman: Introduction to Automata Theory, Languages, and Computation Uwe Schöning: Theoretische Informatik - kurzgefasst Michael Sipser: Introduction to the Theory of Computation Norbert Blum: Theoretische Informatik Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 21 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Grundzüge von Datenstrukturen und Algorithmen ggf. Kürzel: I-B-4 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Grundzüge Datenstrukturen und Algorithmen Übung: Grundzüge Datenstrukturen und Algorithmen Semester: 3. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Raimund Seidel Dozent(in): Prof. Dr. Markus Bläser, Prof. Dr. Kurt Mehlhorn, Prof. Dr. Raimund Seidel Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Informatik“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 2 SWS Übung: 2 SWS Übungsgruppen mit bis zu 20 Studierenden Arbeitsaufwand: 180 h = 60 h Präsenz- und 120 h Eigenstudium Kreditpunkte: 6 Voraussetzungen: Programmierung 1 und 2 Mathematik für Informatiker 1 und 2 (empfohlen) Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden lernen die wichtigsten Methoden des Entwurfs von Algorithmen und Datenstrukturen kennen: Teile-und- Herrsche, Dynamische Programmierung, inkrementelle Konstruktion, „Greedy“, Dezimierung, Hierarchisierung, Randomisierung. Sie lernen Algorithmen und Datenstrukturen bzgl. Zeit- und Platzverbrauch für das übliche RAM Maschinenmodell zu analysieren und auf Basis dieser Analysen zu vergleichen. Sie lernen verschiedene Arten der Analyse (schlechtester Fall, amortisiert, erwartet) einzusetzen. Die Studierenden lernen wichtige effiziente Datenstrukturen und Algorithmen kennen. Sie sollen die Fähigkeit erwerben, vorhandene Methoden durch theoretische Analysen und Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 22 Abwägungen für ihre Verwendbarkeit in tatsächlich auftretenden Szenarien zu prüfen. Ferner sollen die Studierenden die Fähigkeit trainieren, Algorithmen und Datenstrukturen unter dem Aspekt von Performanzgarantien zu entwickeln oder anzupassen. StudienPrüfungsleistungen: Erfolgreiche Bearbeitung der Übungsblätter berechtigt zur Klausurteilnahme. Medienformen: Literatur: Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 23 Modul: Grundvorlesungen der Chemie und Biowissenschaften Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Allgemeine Chemie ggf. Kürzel: C-B-1 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Allgemeine Grundlagen der Chemie (AC00) Semester: 1. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Michael Springborg Dozent(in): Prof. Dr. Michael Springborg, Prof. Dr. David Scheschkewitz, Dr. Andreas Rammo Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Chemie und Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung und Übung: 5 SWS (4 V, 1 Ü, 1. – 7. Woche), maximal 100 Teilnehmer Arbeitsaufwand: 120 h = 35 h Präsenz- und 85 h Eigenstudium Kreditpunkte: 4 Voraussetzungen: - Lernziele / Kompetenzen: Entwicklung des Verständnis für: Chemische, physikalische und mathematische Grundlagen der Chemie, begleitet von Versuchen und Übungen Grundlagen zu: -Atommodelle -chemische Bindung und Molekülstrukturen -chemisches Gleichgewicht -Redox- und Elektrochemie -Anwendung der Mathematik in der Chemie -Thermodynamik, Kinetik, Quantenchemie Inhalt: Vorlesung: - Energie und Materie - Materie, Stoff, Verbindung, Element - Atomhypothese und chemische Reaktion - Aufbau der Atome, Kern Hülle, Bohrsches Atommodell etc. - Quantenzahlen und deren Anwendung in der Chemie - Aufbau des Periodensystems Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 24 - Das Versagen des Bohrschen Atommodells, Heisenbergsche Unschärferelation - Einfache Vorstellung zur chemischen Bindung und zur Struktur von Molekülen, Salzen und Metallen - Das chemische Gleichgewicht, Massenwirkungsgesetz und Anwendung in wäßrigen Lösungen - Reaktionsgeschwindigkeit, Reaktionswärme - Redoxchemie und Elektrochemie - Allgemeine Betrachtungen zur Chemie der Elemente Übung; - Säure-Base–Reaktionen: Lewis-Säuren und –Basen, SäureBase-Begriff nach Brønsted, - Berechnung von pH-Werten und Titrationskurven - Redoxchemie: Aufstellung von Redoxgleichungen - Stöchiometrieaufgaben - Elektrochemie: Berechnung von Potentialen, Anwendung der Nernst-Gleichung, Potentialketten VSEPR-Model: Molekülstrukturen (Lewisformeln) - „Kästenschreibweise“: Auffüllung der Orbitale mit Elektronen und resultierend Hybridisierungszustände an ausgesuchten Molekülverbindungen - ausgewählte Verbindungen in der Anorganischen Chemie, Bindungserklärungen (z.B. Diboran: 2e3z-Bindung), Doppelbindungsregel etc. StudienPrüfungsleistungen Benotete Abschlussklausur Die Note entspricht der Klausurnote. Medienformen: Vorlesung, ausgewählte Schauversuche, begleitend zur Vorlesung werden zur Vertiefung der Lehrinhalte Übungsstunden angeboten, in denen gezielte Sachverhalte der Vorlesung vertiefend behandelt sowie Übungsaufgaben vorgerechnet werden. Literatur: - Paul C. Yates: Chemical Calculations at a Glance, Blackwell Publishing, 2005 - Hollemann, Wiberg, Lehrbuch der Anorganischen Chemie, 101. Auflage Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 25 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Physikalische Chemie ggf. Kürzel: C-B-2 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Einführung in die Physikalische Chemie (PC00) Semester: 2. oder 4. Semester Angebotsturnus: jedes Semester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Michael Springborg Dozent(in): Prof. Dr. Michael Springborg Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Chemie und Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung und Übung: 5 SWS (4 V, 1 Ü, 1. – 7. Woche) Arbeitsaufwand: 120 h = 35 h Präsenz- und 85 h Eigenstudium Kreditpunkte: 4 Voraussetzungen: - Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden werden in der Vorlesung mit den Grundlagen zur Beschreibung und Behandlung der Eigenschaften von Materie vertraut gemacht. Dazu gehören fundamentale Begriffe wie die Hauptsätze der Thermodynamik und die Quantentheorie, sowie deren Anwendungen zur Beschreibung und Behandlung von Spektroskopie, chemischen Gleichgewichte, Phasengleichgewichte, chemischer Reaktionskinetik. Der Kurs beschreibt die Grundlagen für viele biologische, chemische und physikalische Vorgänge. Inhalt: - Mathematik als wissenschaftliches Werkzeug - Grundlagen der klassischen Thermodynamik - Grundlagen der kinetischen Gastheorie und der statistischen Thermodynamik - Grundlagen der Quantentheorie - Grundlagen der chemischen Kinetik - Grundlagen der Elektrochemie Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 26 Studien- Klausurnote Medienformen: Literatur: - Gerd Wedler: Lehrbuch der Physikalischen Chemie, WILEY-VCH Verlag GmbH, 2004 (GW) Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 27 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Molekularbiologie ggf. Kürzel: C-B-3 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Molekularbiologie für Bioinformatiker Semester: 2. Semester Angebotsturnus: Jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Rolf Müller Dozent(in): Prof. Dr. Rolf Müller, Dr. Nora Luniak, Dr. Carsten Volz Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Chemie und Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 90 h = 32 h Präsenz- und 58 h Eigenstudium Kreditpunkte: 3 Voraussetzungen: keine Lernziele / Kompetenzen: Kenntnis der Grundlagen aktueller molekularbiologischer Techniken Inhalt: In der Vorlesung "Einführung in die Molekularbiologie für Bioinformatiker" (für Bioinformatiker im 2. Semester) werden die Grundlagen molekularbiologischer Techniken (wie Sequenzierung, Klonierung, Expression) vermittelt. Zudem werden Methoden vorgestellt, mit denen komplexe Datensätze erzeugt werden und die damit für die Bioinformatik von besonderer Bedeutung sind (Transkriptom- und Proteomanalyse). StudienPrüfungsleistungen 1) Die Anmeldung erfolgt nur über das System LSF. 2) Bestandene Prüfungen können nur innerhalb eines Jahres und nur einmal wiederholt werden. Dabei zählt das bessere Ergebnis. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 28 3) Die Teilnahme der Nachklausur ist beschränkt auf Personen, die a) nicht an der Hauptklausur des selben Semesters teilgenommen haben b) die Hauptklausur des selben Semesters nicht bestanden haben c) für die a) zutrifft, aber in dem vorigen Semester bestanden haben und sich jetzt verbessern wollen. 4) Wer sich verbessern will, muss 1) für das entsprechende Semester über das System LSF angemeldet sein und 2) sich für die Verbesserungsklausur separat per Email beim Sekretariat der Pharmazeutischen Biotechnologie anmelden. 5) Wenn eine Anmeldung vorliegt, der Kandidat bzw. die Kandidatin bei der Klausur aber nicht erscheint, dann gilt dies als "Nicht bestanden." Medienformen: Powerpoint-Präsentationen; Verfügbare digitale PDF-Version Literatur: Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 29 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Organische Chemie und Biochemie ggf. Kürzel: C-B-4 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Biochemie für Lehramtsstudierende und Bioinformatiker Semester: 1. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Johann Jauch Dozent(in): Prof. Dr. Johann Jauch Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Chemie und Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 2 SWS + Crashkurs als Block Arbeitsaufwand: 150 h = h Präsenz- und h Eigenstudium Kreditpunkte: 5 Voraussetzungen: Kenntnisse in Anorganischer und Allgemeiner Chemie Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden werden während der Vorlesung mit ausgewählten Grundlagen der Organischen Chemie vertraut gemacht, soweit diese für das Verständnis der weiteren Vorlesung notwendig sind. Der biochemische Teil der Vorlesung behandelt die theoretischen Grundlagen der Biochemie, wobei die Studierenden mit kinetischen und thermodynamischen Betrachtungen vertraut gemacht werden. Biochemische Arbeitstechniken zur Reinigung und Charakterisierung von Biomolekülen werden vorgestellt um den Studierenden eine Vorstellung davon zu vermitteln, mit welchen Methoden Daten gewonnen werden können. Eigenschaften, Struktur und Biosynthese der Biomakromoleküle (Nukleinsäuren, Kohlenhydrate und Proteine) werden vorgestellt um anschließend StrukturFunktionsbeziehungen an ausgewählten Beispielen zu bearbeiten. In der Präsentation von Stoffwechselvorgängen liegt der Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 30 Schwerpunkt auf dem Energiestoffwechsel, wobei die erarbeiteten Grundlagen auf Regulationsprozesse angewendet werden können. Ziel der Vorlesung ist es allgemeine Grundprinzipien biochemischer Vorgänge herauszuarbeiten. Inhalt: Zellen, molekulare Logik des Lebens Eigenschaften des Wassers, biologische Membranen Grundlagen der Organischen Chemie( Reaktionstypen, Bindungen, funktionelle Gruppen, Stereochemie) Thermodynamik und Selbstorganisation Biomoleküle: - Aminosäuren - Techniken zur Proteinreinigung - Kovalente Struktur von Proteinen - Dreidimensionale Struktur von Proteinen - Faltung, Dynamik, strukturelle Evolution von Proteinen - Hämoglobin, Myoglobin: StrukturFunktionsbeziehungen - Nukleinsäuren (DNA und RNA): Struktur, Funktion - Zucker und Polysaccharide Enzyme: - Theorie der chemischen Kinetik - Cofaktoren - Enzymkinetik - Regulation Prinzipien der Bioenergetik Stoffwechsel: Glycolyse, oxidative Decarboxylierung, Citratzyklus, Atmungskette, Fettsäurestoffwechsel, Aminosäurestoffwechsel, Harnstoffzyklus, Photosynthese, Kohlendioxidfixierung Hormonelle Regulation am Beispiel der Stoffwechselregulation StudienPrüfungsleistungen Crashkurs „Organische Chemie“: Test Abschlussklausur „Biochemie“ Medienformen: Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Literatur: verschiedene Lehrbücher werden vorgestellt, die alle vergleichbar gut als Vorlesungsbegleitung geeignet sind: Voeth/Voeth, Biochemie, VCH Berg, Stryer, Tymoczko, Biochemie, Spektrum Nelson, Cox, Lehninger Biochemie, Springer Rehm, Hammar, Biochemie light, Harri Deutsch Die Vortragsfolien sowie Übungsaufgaben zu den einzelnen Themen werden den Studierenden zur Verfügung gestellt. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 31 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Biochemie ggf. Kürzel: C-B-5 ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Biochemie 1 Semester: Angebotsturnus: Jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Elmar Heinzle Dozent(in): Prof. Dr. Elmar Heinzle, Prof. Dr. Rita Bernhardt Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Grundvorlesungen der Chemie und Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Arbeitsaufwand: 180 h = 60 h Präsenz- und 120 h Eigenstudium Kreditpunkte: 6 Voraussetzungen: - Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden sollen: - die wichtigen Bauelemente biologischer Systeme kennen - die Prinzipien der enzymatischen Katalyse und deren Regulation verstehen - Zusammenhänge zwischen Struktur und Funktion von Molekülen verstehen - Stoffwechselwege des Katabolismus und Anabolismus beherrschen und deren Funktionsweise verstehen - Synthese und Umwandlung funktioneller Gruppe beherrschen - Molekulare Bausteine (Aminosäuren, Proteine, Lipide, Kohlenhydrate, …) - Biochemische Katalyse und Regulation - Stoffwechsel : Energieumwandlung, Synthese molekularer Bausteine Benotet: Klausur nach Abschluss der Lehrveranstaltung; Modulnote = Note der Abschlussklausur Inhalt: StudienPrüfungsleistungen Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 32 Literatur: - Stryer, L., „Biochemie“ Spektrum Akad. Verlag Vorlesungsunterlagen: Homepage Prof. Bernhardt (http://www.uni-saarland.de/fak8/bernhardt/) und Prof. Heinzle (http://www.uni-saarland.de/fak8/heinzle/) Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 33 Modul: Vorlesungen der Biowissenschaften Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Biopharmazie und Drug Delivery ggf. Kürzel: B-B-1 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung „Biopharmazie und Drug Delivery für Bioinformatiker“ mit Übung und Seminar Semester: 5 Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Claus-Michael Lehr Dozent(in): Prof. Dr. Claus-Michael Lehr, Dr. Steffi Hansen, Dr. Eva Maria Collnot, Dr. Brigitta Loretz, Dr. Nicole Daum Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Lehrform / SWS: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Biowissenschaften“ Vorlesung: 2 SWS Übung/Seminar: 1 SWS Arbeitsaufwand: 150 h = 48 h Präsenz- und 102 h Eigenstudium Kreditpunkte: 5 Voraussetzungen: Lernziele / Kompetenzen: Verständnis der pharmazeutisch-technologischen Grundlagen zur Entwicklung, Herstellung und Prüfung von Arzneiformen, sowie wesentlicher biopharmazeutischer Grundlagen des Transports von Arzneistoffen über biologische Barrieren Inhalt: 1. Biopharmazeutische Grundlagen der wichtigsten Applikationswege für Arzneimittel (oral, inhalativ, transdermal, parenteral) 2. Pharmazeutisch-technologische Grundlagen für die Entwicklung, Herstellung und Prüfung entsprechender Arzneiformen (z.B Tabletten, Transdermale Systeme, Inhalationsaereosole, Parenterale Depotarzneiformen 3. Arzneiformenbezogene Pharmakokinetik ( Grundlagen) 4. Zellkulturmodelle biologischer Barrieren als Tools für die Entwicklung neuer Medikamente, Advanced Drug Delivery Systems based on Nanobiotechnology Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 34 StudienPrüfungsleistungen Benotung: ja. Abschlussklausur Medienformen: Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Die Vorlesungsunterlagen stehen den Studierenden als PDF-Datei zum download zur Verfügung Literatur: Lehrbücher der Biopharmazie und Phharmazeutischen technologie; aktuelle Empfehlungen werden jeweils zum Semesterbeginn mitgeteilt und stehen online in den Vorlesungsunterlagen. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 35 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Biophysik ggf. Kürzel: B-B-2 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Biophysik Semester: 3. - 5. Semester Bachelor Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Ingolf Bernhardt Dozent(in): Prof. Dr. Ingolf Bernhardt Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 90 h = 30 h Präsenz- und 60 h Eigenstudium und Vorbereitung der Seminare Kreditpunkte: 3 Voraussetzungen: - Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden werden in der Vorlesung mit modernen biophysikalischen Fragestellungen und, alternativ, Methoden vertraut gemacht. Inhalt: - Membranbiophysik I: Aufbau und Struktur von Zellmembranen - Membranbiophysik II: Dynamik der Membrankomponenten - Membranbiophysik III: Stoff- und Ionentransport durch biologische Membranen - Signaltransduktion an biologischen Membranen - Elektrische Potentiale an biologischen Zellen (Oberflächenpotentiale, Transmembranpotential) - Grundlagen der Fluoreszenzmessungen - Methoden der Zell- und Membranbiophysik (Fluoreszenzmesungen, patch-clamp-Technik, zu weiteren Verfahren - Abstimmung mit anderen Vorlesungen erforderlich (z.B. AFM, FCS, SNOM)) Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 36 - Physikalische Grundlagen radioaktiver Strahlung - Wirkung radioaktiver Strahlung auf biologische Systeme - Wirkung elektrischer und magnetischer Felder auf biologische Systeme - Biomechanik I: Festkörpereigenschaften biologischer Materialien - Biomechanik II: Eigenschaften flüssiger Biomaterialien (Viskositätsverhalten) - Biomechanik III: Strömungseigenschaften an biologischen Oberflächen StudienPrüfungsleistungen Benotung: ja. Klausur am Semesterende. Medienformen: Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Zusätzlich werden relevante Folien als Papier-Kopien ausgeteilt. Literatur: Lehrbücher der Biophysik Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 37 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Einführung in die Biotechnologie ggf. Kürzel: B-B-4 ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Biotechnologie Übung Biotechnologie Semester: 4. oder 6. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Elmar Heinzle Dozent(in): Prof. Dr. Elmar Heinzle, Dr. Fozia Noor Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 90 h = 30 h Präsenz- und 60 h Eigenstudium und Vorbereitung der Seminare Kreditpunkte: 3 Voraussetzungen: Grundkenntnisse Biochemie, Biologie, Chemie Lernziele / Kompetenzen: Verständnis der Grundlagen der Biotechnologie, Überblick Inhalt: - Biologische Grundlagen der Biotechnologie (Enzyme, Zellen, Stoffwechsel) - Produktionsorganismen - Biotransformation - Fermentation (Bakterien, Hefen und Pilze) - Zellkultur (Produktion therapeutischer und diagnostischer Proteine) - Gewebekultur (Haut, Knorpel, …..) - Biotechnologie in der Pharmaentwicklung - Pflanzenbiotechnologie - Umweltbiotechnologie StudienPrüfungsleistungen Medienformen: Benotung: ja, Klausur Literatur: Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 38 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Grundlagen der Genetik ggf. Kürzel: B-B-5 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Grundlagen der Genetik Semester: 3. oder 5 Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Jörn Walter Dozent(in): Prof. Dr. Jörn Walter, PD Dr. Martina Paulsen Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Arbeitsaufwand: 180 h = 60 h Präsenz- und 120 h Eigenstudium Kreditpunkte: 6 Voraussetzungen: Keine Lernziele / Kompetenzen: - Einführung in grundlegende Mechanismen der Formalgenetik - Einführung in die Molekulargenetik: Entstehung und Reparatur von Mutationen, Prinzipien der - Replikation und Rekombination, grundlegende Mechanismen der Genregulation - Erlernen genetischer Grund-Prinzipien und der genetischen Terminologie - Erlernen theoretischer Grundlagen der Molekularen Genetik - Konzeptionelles Grundverständnis genetischer Probleme Inhalt: 1. 2. 3. 4. 5. 6. Struktur und Aufbau der DNA Replikation Transkription Translation Formalgenetik I Formalgenetik II Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 39 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. Zytogenetik Chromosom Mutationen Punktmutationen Rekombination Regulation Prokaryoten Regulation Eukaryoten Geschlechtschromosomen, Imprinting, Mitochondrien Evolution und Populationsgenetik StudienPrüfungsleistungen Benotung: ja, Abschlussklausur Medienformen: Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Die Dateien werden den Studierenden zur eigenständigen Nacharbeit elektronisch zur Verfügung gestellt. Literatur: Wird in der Vorlesung bekanntgegeben Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 40 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Medizinische Chemie und Drug Design ggf. Kürzel: B-B-6 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Medizinische Chemie und Drug Design Übung Medizinische Chemie und Drug Design Semester: 5. Semester Bachelor Angebotsturnus: jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Rolf W. Hartmann Dozent(in): Prof. Dr. Rolf W. Hartmann, Dr. Matthias Engel Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesungen: 2 SWS Übung: 1 SWS Arbeitsaufwand: 150 h = 45 h Präsenz + 105 h Eigenstudium und Bearbeitung der Übungsaufgaben Kreditpunkte: 5 Voraussetzungen: Grundlagen der Organischen Chemie, der Biochemie sowie der Bioinformatik Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden werden in die Grundlagen der Medizinischen Chemie und des Drug Discovery eingeführt. Dabei wird besonderes Augenmerk auf die Unterschiede zwischen Aktivität und Selektivität sowie auf Pharmakodynamik und Pharmakokinetik gerichtet. Inhalt: - Allgemeines Arzneistofftargets / Molekulare Mechanismen der Arzneistoffwirkung Strategien für die Suche nach neuen Wirkstoffen Naturstoffe als Leitverbindungen Kombinatorische Bibliotheken und High-ThroughputSynthese Elektronisches Screening Strukturwirkungsbeziehungen Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 41 - Bioisosterie Ringtransformationen Spezifische Substituenteneffekte Funktionelle Gruppen und Arzneistoffrezeptorinteraktion Konformation und Konfiguration Stereoselektivität in den pharmakokinetischen Teilprozessen (ADME) QSAR Rational Drug Design Structure based Drug Design Pharmacophore based Drug Design StudienPrüfungsleistungen Medienformen: Benotung: ja, Klausur Literatur: Wird in der Vorlesung bekanntgegeben. Die Vorlesung wird als PowerPoint-Vortrag durchgeführt. Die Vortragsfolien werden auf der Homepage des Lehrstuhls bereitgestellt. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 42 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Molekulare Mikrobiologie ggf. Kürzel: B-B-7 ggf. Untertitel: ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Molekulare Mikrobiologie Semester: 2. oder 4. Semester Angebotsturnus: Jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Karin Römisch Dozent(in): Priv.-Doz. Dr. Thomas Jahns Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 90 h = 32 h Präsenz und 58 h Eigenstudium Kreditpunkte: 3 Voraussetzungen: Biochemie, organische Chemie Lernziele / Kompetenzen: Die Vorlesung dient zur Einführung der BioinformatikStudierenden in die Molekulare Mikrobiologie. Es werden Kenntnisse über den molekularen Aufbau der Zelle vom Monomer bis zu den hochmolekularen Strukturen vermittelt, die eine Zelle letztlich zum Funktionieren bringen. Darüber hinaus wird die Mikrobiologie auch als angewandte biologische Wissenschaft mit Bezug zur Medizin (Krankheitserreger) und zur Industrie (Biokatalysatoren) dargestellt, wobei die Verbindung von Mikrobiologie und Gentechnologie, die Biotechnologie, besondere Bedeutung erhält. Inhalt: In dieser Vorlesung werden zelluläre und molekulare Zusammenhänge mit Bezug zur Bioinformatik anhand folgender umfangreicher Themen-Blöcke behandelt: - Bedeutung von Bakterien für Mensch und Umwelt - Die prokaryotische Zelle: Subzelluläre und molekulare Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 43 Organisation - Die Zellfabrik: Stoffflüsse und deren Regulation, Primär und Sekundärstoffwechsel, Synthese industrierelevanter Produkte - Genetik der Prokaryonten und ihrer Viren - Das Bakteriengenom und Plasmide, Regulation der Genexpression - Gentransfer zwischen Mikroorganismen - Transcriptom, Proteom, Metabolom - Posttranslationale Kontrolle und Modifikation von Proteinen - Produktion rekombinanter Proteine mit Mikroorganismen - Struktur und Funktion ausgewählter bakterieller Proteine - Molekulare Grundlagen bakterieller Pathogenität (Toxine, Enzyme, Pathogenitätsinseln) StudienPrüfungsleistungen Medienformen: Benotung: ja, Abschlussklausur Literatur: Wird in der Vorlesung bekanntgegeben. Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 44 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Einführung in die Zellbiologie ggf. Kürzel: B-B-8 ggf. Untertitel: ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Einführug in die Zellbiologie Semester: 5. Semester Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Manfred Schmitt Dozent(in): Prof. Dr. Manfred Schmitt Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Arbeitsaufwand: 150 h = 60 h Präsenz- und 90 h Eigenstudium Kreditpunkte: 5 Voraussetzungen: - Lernziele / Kompetenzen: Verständnis von Aufbau und Funktion der eukaryontischen Zelle und ihrer Organellen; Zell-Zell-Kommunikation, Signalübertragung Inhalt: - Aufbau und Funktion der Eukaryontenzelle - Mikroskopie von Zellen (Licht- & Fluoreszenz-Mikroskopie; Elektronen-Mikroskopie) - Zellteilung, Zellzyklus und Zellzykluskontrolle - Primärer Informationsfluss in Pro- und Eukaryonten - Struktur und Funktion von DNA, DNA-Topoisomerasen, DNABindeproteinen und Histonen - DNA-Schäden und zelluläre DNA-Reparatur - RNA-Polymerasen und Transkription - Zelluläre Kontrollebenen der eukaryonten Genexpression - Programmierter Zelltod (Apoptose) - Cytoskelett: Komponenten, Dynamik und Funktion - Extrazelluläre Matrix: Aufbau, Abbau und Funktionen - Aufbau von Biomembranen und Dynamik von Membran-Lipiden und -Proteinen Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 45 - Membrantransport: Pumpen, Carrier und Kanäle Zellkommunikation, Signalü bertragung und Rezeptoren Organellen und vesikulärer Transport (t- und v-SNARES) Posttranslationale Proteinmodifikationen (GPI-Anker, Protein-Ound N-Glykosylierung etc.) - Intrazelluläres Protein-Targeting, Protein-Sekretion und -Abbau; Ubiquitin/Proteasom-System StudienPrüfungsleistungen Benotung: ja, Abschlussklausur Medienformen: Literatur: - Alberts et al., Lehrbuch der Molekularen Zellbiologie, 3. Auflage (2005), Wiley-VCH - Lodish et al., Molekulare Zellbiologie, 4. Auflage (2002), Spektrum Akademischer Verlag - Cooper & Hausman, The Cell - A Molecular Approach, 4. Auflage (2007), ASM Press - Karp, Molekulare Zellbiologie, 1. Auflage (2005), Springer Verlag Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 46 Modul: Veranstaltungen zum Erwerb von Schlüsselqualifikationen Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Organisation wissenschaftlicher Forschung ggf. Kürzel: E-BM-1 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: Organisation wissenschaftlicher Forschung Semester: eher gegen Ende des Bachelorstudiums sinnvoll Angebotsturnus: ca. alle 2 Jahre im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Studiendekan der Bioinformatik Dozent(in): Prof. Volkhard Helms Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement (Bachelor)/Wahlmodulelement (Master) der Kategorie „Veranstaltungen zum Erwerb von Schlüsselqualifikationen“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 1 SWS Blockveranstaltung an 3 Nachmittagen Arbeitsaufwand: 30 h = 16 h Präsenz- und 14 h Eigenstudium Kreditpunkte: 1 Voraussetzungen: Keine Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden sollen sich über typische Karrierewege in der Bioinformatik klar werden. Sie sollen erkennen, welche persönlichen Fähigkeiten notwendig sind um bestimmte Ziele zu erreichen. Einführung in die Ethik wissenschaftlicher Forschung (s. u.) Inhalt: Es werden drei Bereiche angeschnitten: 1. Wie funktioniert Wissenschaft? - Publizieren, Artikel, Konferenzen - Persönliche Fähigkeiten, Fertigkeiten: - meine eigene Persönlichkeit - Networking - Personenführung Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 47 2. Wissenschaftliche Ethik - Korrekte Dokumentation von Forschungsergebnissen - Geheimhaltung - Publizieren: Autorenliste, korrektes Zitieren - Wissenschaftliches Fehlverhalten anhand von Beispielen 3. Karriereformen in der Wissenschaft bzw. Industrie - Was bedeutet eine wissenschaftliche Karriere? - Arbeitsalltag in der Industrie oder Start-upUnternehmen - Typische Hierarchien, Stipendiensysteme - Wie bekomme ich Empfehlungsschreiben? StudienPrüfungsleistungen Anwesenheitspflicht an mindestens zwei der drei Termine; Kurze Quizabfrage des für die Vorlesung vorzubereitenden Materials Benotung: nein Medienformen: Power-Point-Vortrag Literatur: - Kathy Barker At the Helm, Cold Spring Harbor Laboratory Press - Siegfried Bär, Im Reiche der Propheten, LJ-Verlag (Führer durch die deutsche Wissenschaftsförderung) - Max-Planck-Gesellschaft: Broschüre "Verantwortliches Handeln in der Wissenschaft" Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 48 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Projektmanagement ggf. Kürzel: E-BM-2 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung/Übung Projektmanagement Semester: Angebotsturnus: einmal alle 2 Jahre Modulverantwortliche(r): Studiendekan der Bioinformatik Dozent(in): Dr. Christian Schall, Fresenius Medical Care, St. Wendel Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement (Bachelor)/Wahlmodulelement (Master) der Kategorie „Veranstaltungen zum Erwerb von Schlüsselqualifikationen“ Lehrform / SWS: Vorlesung/Übung: 1 SWS Blockveranstaltung an 3 Nachmittagen Arbeitsaufwand: 30 h = 12 h Präsenz- und 18 h Eigenstudium Kreditpunkte: 1 Voraussetzungen: Keine Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden lernen im Teil 1: - das Handwerkszeug für erfolgreiches Projektmanagement - eine wirksame Projektorganisation aufzubauen - komplexe Projekte ziel- und aufgabengerecht zu strukturieren und zeiteffizient zu behandeln - Projekte wirksam zu planen, steuern und zu überwachen - relevante betriebliche Daten und Informationen auszuwählen und zu verarbeiten. Die Studierenden lernen im Teil 2: - Projektziele zu präzisieren und eine Zielpyramide aufzubauen - den Aufwand abzuschätzen und Termine, Kosten und Kapazitäten zu planen - mit Risiken und Unsicherheit im Projekt umzugehen - den Projektfortschritt zu überwachen - ein zielgruppenadäquates Berichtswesen aufzubauen Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 49 - Projekte zu steuern und Steuerungsentscheidungen herbeizuführen - den Projektplan im Projektverlauf zu optimieren Inhalt: - Einführung - Projektabwicklung - Projektinstitution - Projektführung - Projektdurchführung - Projektportfoliomanagement - Risikomanagement - Qualitätsmanagement - Teammanagement - Konfigurationsmanagement - Chancenmanagement StudienPrüfungsleistungen: Anwesenheitspflicht an mindestens zwei der drei Termine. Unbenoteter Schein nach Bestehen eines Kurzquiz. Benotung: nein Medienformen: PowerPoint-Präsentation Literatur: Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 50 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Patentrecht und Bioethik ggf. Kürzel: E-BM-3 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Patentrecht und Bioethik Semester: jederzeit Angebotsturnus: ca. alle zwei Jahre Modulverantwortliche(r): Studiendekan der Bioinformatik Dozent(in): Patentrecht: Dipl.-Kfm. Axel Koch (Patentverwertungsagentur UdS) Bioethik: Dipl.-Päd. Pia Scherer-Geiß (ZBI) Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement (Bachelor)/Wahlmodulelement (Master) der Kategorie „Veranstaltungen zum Erwerb von Schlüsselqualifikationen“ Lehrform / SWS: Vorlesung/Übung: 1 SWS in fünf Blöcken Arbeitsaufwand: 30 h = 16 h Präsenz- und 14 h Eigenstudium Kreditpunkte: 1 Voraussetzungen: Keine Lernziele / Kompetenzen: Als Vorbereitung auf eine spätere Tätigkeit in der Wirtschaft und als Anregung für Firmengründer soll ein Teil dieser Veranstaltung die Bioinformatik-Studenten in das Gebiet des Patentrechts einführen. In einer praktischen Übung werden Patentrecherchen in den Patent-Datenbanken Depatisnet und Epoline durchgeführt. Im anderen Teil der Veranstaltung sollen bioethische Problembereiche angesprochen werden, mit denen das Gebiet Bioinformatik in Berührung steht. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 51 Inhalt: Bioethik: 1. Einführung 2. Was ist Bioethik? 1. Grundbegriffe und ethische Theorien 2. Bioethik im Rahmen der Bereichsethiken 3. Historische Aspekte 4. Rechtliche Aspekte und Grundlagen 3. Status menschlicher Embryonen 1. Pränatal- und Präimplantationsdiagnostik 2. Embryonale Stammzellenforschung 4. Gentechnische Reproduktionsmedizin 1. Therapeutisches und reproduktives Klonen 5. Patentierung gentechnischer Veränderungen 1. Patente am Leben 6. Organtransplantation/Transplantationsmedizin 7. Patientenverfügungen/Patientenautonomie 8. Sterbehilfe und Euthanasie Patentrecht: 1. Einführung 1. Geschichte der gewerblichen Schutzrechte 2. Sinn und Zweck der gewerblichen Schutzrechte 3. Überblick über die verschiedenen Schutzrechtsarten 2. Patentrecht 1. Begriff der Erfindung 2. Berechtigte aus und an der Erfindung 3. Schutzumfang und Dauer des Schutzes 3. Patentanmeldung 1. Der Patenanmelde- und -erteilungsprozess 2. Der Aufbau einer Patentschrift 3. Internationale Patentklassifizierung 4. Patentrecherche 1. Sinn und Zweck der Patentrecherche 2. Quellen für die Patentrecherche 3. Einführung in die wichtigsten kostenlosen OnlinePatentdatenbanken 5. Praktische Rechercheübung 1. Depatisnet 2. Espacenet StudienPrüfungsleistungen: Anwesenheitspflicht. Unbenoteter Schein nach Bestehen eines Kurzquiz. Benotung: nein Medienformen: Die Vorträge werden als Powerpoint-Vorträge durchgeführt. Literatur: Keine Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 52 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Effizientes Lernen ggf. Kürzel: E-BM-4 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Blockveranstaltung Semester: am sinnvollsten direkt am Anfang des Bachelorstudiums Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Studiendekan der Bioinformatik Dozent(in): Prof. Dr. Volkhard Helms, Dr. Jan Baumbach Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Veranstaltungen zum Erwerb von Schlüsselqualifikationen“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 1 SWS Blockveranstaltung an 3 Nachmittagen Arbeitsaufwand: 30 h = 16 h Präsenz- und 14 h Eigenstudium Kreditpunkte: 1 Voraussetzungen: Keine Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden sollen angeleitet werden, ihr Studium möglichst effizient und erfolgreich absolvieren zu können. Sie sollen erkennen, welche Fähigkeiten für ein erfolgreiches Studium der Bioinformatik erforderlich sind bzw. was für Alternativen es gibt. Sie sollen erkennen, welche ihrer persönlichen Fähigkeiten mit diesen Fähigkeiten übereinstimmen und wo eventuell Anpassungen notwendig sind. Inhalt: 1. Termin: Der Einstieg ins Studium * Lernstrategien * Arbeitspläne (Woche bzw. Semester) * Diskussion der Studien- und Prüfungsordnung * Erfahrungsberichte von Studenten höherer Semester * Diskussion von aktuellen Problemen Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 53 2. Termin: Ausblick auf das weitere Bioinformatik-Studium * verschiedene Stundenpläne * verschiedene Studiengeschwindigkeiten * was ist wichtig in der Bioinformatik? * welche Fähigkeiten werden benötigt? * was lerne ich in welchen Modulen? * welche Module bauen aufeinander auf? * Auslandssemester * Industriepraktika * Schlüsselqualifikationen 3. Termin: Programmieren * welche Sprachen soll man lernen? * wann braucht man sie? * wie lernt man programmieren? - hands-on * kuriose und ernste Beispiele aus der Praxis StudienPrüfungsleistungen: Anwesenheitspflicht an mindestens zwei der drei Termine. Unbenoteter Schein nach Bestehen von Kurzquiz. Medienformen: Je nach Dozent Literatur: Studien- und Prüfungsordnung der BioinformatikStudiengänge Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 54 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Wissenschaftliches Publizieren ggf. Kürzel: E-BM-5 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Wissenschaftliches Publizieren Semester: ab 5. Bachelor Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): PD Dr. Michael Hutter Dozent(in): PD Dr. Michael Hutter Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement (Bachelor)/Wahlmodulelement (Master) der Kategorie „Veranstaltungen zum Erwerb von Schlüsselqualifikationen“ Lehrform / SWS: Arbeitsaufwand: Vorlesung/Übung: 1 SWS, Blockveranstaltung an vier Nachmittagen 30 h = 16 h Präsenz- und 14 h Eigenstudium Kreditpunkte: 1 Voraussetzungen: Keine; geeignet für Bachelorstudierende ab dem 5. Semester und Masterstudierende, sowie für interessierte Hörer aus naturwissenschaftlichen Studiengängen. Lernziele / Kompetenzen: Diese Veranstaltung soll den Studenten die notwendigen Fähigkeiten zum selbständigen Abfassen wissenschaftlicher Texte vermitteln. Dies umfasst grundlegende Dinge, wie etwa Materialsichtung, Gliederung und richtiges Zitieren ebenso wie den Umgang mit externer Kritik bei der Revision von Manuskripten. Da Englisch im Bereich der Naturwissenschaften die wichtigste Kommunikationssprache ist, gilt besonderes Augenmerk der Vermeidung typischer Formulierungs- und Übersetzungsfehler, sowie ethisch korrekter und diskriminierungsfreier Wortwahl. Inhalt: 1. Termin: Einführung, Allgemeines - Arten von Publikationen - Literatursuche und richtiges Zitieren - Aufbau und Gliederung einer Publikation Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 55 - Tabellen und Abbildungen von der ersten Skizze zum fertigen Manuskript Schreibkultur 2. Termin: Improve your English (I) - Warum Englisch als Wissenschaftssprache - use of the right tense - how to treat numbers - spelling, grammar and style 3. Termin: Improve your English (II) - the correct word and false friends - active vs. passive voice - bias-free language - revise for brevity and clarity - fremde Manuskripte begutachten 4. Termin: Kurzquiz und Begutachtungsprozess - Die Wahl der "richtigen" Zeitschrift - Impact Factor und Zielgruppe - Ablauf einer submission - handling referee comments and revisions - Druckfahnen korrigieren StudienPrüfungsleistungen: Anwesenheitspflicht an mindestens drei der vier Termine. Unbenoteter Schein nach Bestehen eines Kurzquiz. Benotung: nein Medienformen: Die Vorträge werden als Powerpoint-Vorträge durchgeführt. Literatur: Keine Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 56 Modul: Vorlesungen der Bioinformatik Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Bachelorstudiengang Bioinformatik ggf. Kürzel: Ringvorlesung: Einführung in die Bioinformatik ggf. Untertitel: BI-B-1 ggf. Lehrveranstaltungen: - Semester: Vorlesung Einführung in die Bioinformatik Angebotsturnus: 1. Semester Modulverantwortliche(r): Jährlich im Wintersemester Dozent(in): Studiendekan der Bioinformatik Sprache: Bioinformatik-Lehrende Zuordnung zum Curriculum: Lehrform / SWS: Deutsch Arbeitsaufwand: Vorlesung: 2 SWS Kreditpunkte: 90 h = 30 h Präsenz- und 60 h Eigenstudium und Abfassung der Protokolle Voraussetzungen: 3 Lernziele / Kompetenzen: Diese Veranstaltung soll die neuen Bioinformatik-Studenten an verschiedene Bereiche der Bioinformatik heranführen und mit den Saarbrücker Bioinformatik-Dozenten bekannt machen. Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Bioinformatik“ Das Verständnis moderner Forschungsgebiete ist für Studienbeginner anspruchsvoll. Die Abfassung verständlicher Zusammenfassungen erfordert daher hohe Konzentration und eventuell Nacharbeit. Inhalt: Die Vorträge führen in wichtige Bereiche der Saarbrücker Bioinformatik-Forschung ein. Die Themen des WS11/12 lauteten: - Proteinstruktur und -faltung - Protein-Protein-Docking Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 57 - Was ist Virtual Screening Stochastische Modellierung chemischer Reaktionsnetzwerke Membrantransport Molekulare Netzwerke für die medizinische Forschung Modellbildung und Simulation Graphprodukte und Phänotyp-Räume Tumordiagnose Digitale Bildverarbeitung in der biowissenschaftlichen Forschung Auf der Jagd nach dem HI Virus - Bioinformatik im klinischen Einsatz für HIV Patienten Bioinformatik - Standortbestimmung, Potential und Grenzen Clustering großer Datenmengen StudienPrüfungsleistungen: Benotung: ja Abgabe von drei oder mehr Protokollen einzelner Vorträge. Die Note ergibt sich aus der Durchschnittsnote der drei besten bestandenen Protokolle. Medienformen: Die Vorträge werden als Powerpoint-Vorträge durchgeführt. Literatur: - Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 58 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Bioinformatik 1 ggf. Kürzel: BI-B-2 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Bioinformatik 1 Übung Bioinformatik 1 Semester: 3. Semester Bachelor Angebotsturnus: jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof Dozent(in): Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Bioinformatik“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 270 h = 96 h Präsenz- und 174 h Eigenstudium und Bearbeitung der Übungsaufgaben Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Kenntnis des Inhalts/Stoffs von Programmierung 1 und 2 und Mathematik für Informatiker 1 und 2 Lernziele / Kompetenzen: Die Grundfertigkeiten der Bioinformatik sollen in dieser Vorlesung vermittelt werden: - Den Studentinnen und Studenten werden in der Vorlesung die grundlegenden Probleme und Fragestellungen der Bioinformatik vorgestellt werden. Sie sollen lernen, wie man diese Probleme mathematisch modellieren und mit Hilfe der Methoden der Bioinformatik lösen kann. Den Studierenden soll ein breites Spektrum an Problemlösestrategien und –verfahren aus den Bereichen „Algorithmen und Datenstrukturen“, „Optimierung“ und „Statistisches Lernen“ vermittelt werden. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 59 In den Übungen sollen die Studierenden lernen, selbständig Inhalt: bioinformatische Fragestellungen zu modellieren, sie mittels der entsprechenden Methoden zu lösen, die entsprechenden Methoden oder zumindest gewisse zentrale Komponenten der Verfahren zu implementieren und sie auf die biologischen Fragestellungen anzuwenden Genomassemblierung o Sequenzierung des humanen Genoms HGP Celera Genomics o Whole Genom Shotgun Sequence Assembly o Overlap-Layout-Consensus-Schema o SBH und Euler-Ansatz • Sequenzalignment-Algorithmen (paarweise) o Abstands- und Ähnlichkeitsfunktionen o Rekursion und Dynamische Programmierung o Substitutionsmatrizen (PAM, BLOSUM) o Gapkostenfunktionen • Multiple Sequenzalignments o Sum-of-Pairs-Problem o Heuristiken: Greedy/ induzierte Alignments o Star-Alignments o Profile/ HMM-Alignments o ILP-Formulierung, Branch&Cut-Verfahren o Überblick über die am meisten verwendeten Alignment-Tools • Suche nach Signalen und Genen in DNA/Genomen o HMM, Viterbi-Algorithmus, Veil-Modell, Trellis o Homologie basierte Verfahren o Statistische Signifikanz von Signalen in DNA o L,D Motif-Problem und Algorithmen zur Lösung des Problems • Effiziente Algorithmen für die Suche in Sequenzdatenbanken o BLAST und neuere BLAST-Versionen o Suffix-Arrays/Suffix-Trees • Genome Rearrangements o verschiedene Arten von GenomTransformationen o Sorting by Reversal/Reversal Distance Problem o Haltepunkte / Haltepunktgraph o Heuristiken zur Berechnung der “Reversal Distance” • Evolutionäre Bäume / Perfekte Phylogenie o Ultrametrische Bäume o Additive Bäume o Perfekte Phylogenie o Splittrees • Expression und DNA-Microarrays o DNA-Microarrays und Anwendungen o Klassifizierungsproblem o Einfache Lernverfahren und Clustermethoden: CAST-Algorithmus, SVMs, Boosting Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 60 • o o Bayesian Networks und Anwendungen Anwendungen der erlernten Verfahren auf Fragestellungen aus dem Bereich der Krebsforschung StudienPrüfungsleistungen: Bearbeitung von etwa 10 wöchentlich ausgegebenen Übungsaufgabenblättern in Gruppen (2 Personen) Zulassung zur Klausur: mindestens 50 % aller Punkte aus den Übungsaufgaben (50 % der praktischen und 50 % der theoretischen Übungspunkte). Benotung: ja Die Note entspricht der Note der Abschlussklausur (bzw. der besten Note von Abschlussklausur und Wiederholungsklausur, die Anfang November stattfindet). Medienformen: Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Literatur: - Pevzner, Computational Molecular Biology, ISBN 0-26216197-4 Gusfield, Algorithms on Strings, Trees and Sequences, ISBN 0-521-58519-8 Baldi and Brunak, Bioinformatics, ISBN 0-262-02506-X Powerpoint-Vorlesungsfolien Spezialliteratur Webseite der Vorlesung: http://vred.bioinf.unisb.de/lehre/bioinfoI_ws10/index.php?bereich=1 Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 61 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Bioinformatik 2 ggf. Kürzel: BI-B-3 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Bioinformatik 2 Übung Bioinformatik 2 Semester: 4. Semester Bachelor Angebotsturnus: Jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Thomas Lengauer, PhD Dozent(in): Prof. Dr. Thomas Lengauer, Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof Sprache: Englisch bzw. Deutsch (abwechselnd je nach Dozenten) Zuordnung zum Curriculum: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Bioinformatik“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 4 SWS Übung: 2 SWS Arbeitsaufwand: 270 h = 96 h Präsenz- und 174 h Eigenstudium und Bearbeitung der Übungsaufgaben Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Vertrautheit mit Inhalt von Bioinformatik 1 Lernziele / Kompetenzen: - Die Vorlesung schließt an die Bioinformatik 1 Vorlesung an. Während in der Bioinformatik I Vorlesung der Schwerpunkt auf sequenz-basierten Bioinformatikmethoden liegt, fokussiert sich die Bioinformatik 2 Vorlesung auf molekulare Strukturen und Interaktionen sowie deren Netzwerken. Es wird in die biologischen Grundlagen eingeführt, die Nutzung von web-basierten Ressourcen wird geübt und das Verständnis von bioinformatischen Methoden wird vermittelt. Ferner wird ein erster Einblick in den Prozess der Entwicklung solcher Methoden gegeben. Dabei wird ein Einblick in die Methodenentwicklung gleichermaßen gegeben wie ein Einblick in die biomedizinische Anwendung. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 62 Inhalt: (1) Einführung: Proteine und deren Strukturen (2) Proteinstrukturvergleich und -überlagerung (3) Proteinstrukturvorhersage a) Sekundärstrukturvorhersage b) Tertiärstrukturvorhersage c) Vorhersage ungeordneter Bereiche (4) Molekulares Docking (5) Wirkstoffsuche in molekularen Datenbanken (6) Strukturvorhersage bei RNA (7) Analyse von mRNA Expressiondaten (8) Medizinische Anwendungen a) Analyse von Resistenzphänomenen bei HIV StudienPrüfungsleistungen: Benotung: ja Bearbeitung von etwa 10 wöchentlich ausgegebenen Übungsaufgabenblättern in Zweiergruppen Klausur: - dreistündig am Ende der Vorlesungszeit - Zulassung bei mindestens 50 % aller Punkte aus den Übungsaufgaben - Bei Nichtbestehen Möglichkeit einer Wiederholungsklausur Anfang November Die Note entspricht der Note der Abschlussklausur. Medienformen: Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Literatur: Auf der Webseite der Vorlesung (http://vred.bioinf.unisb.de/lehre/bioinfoII_ss11/index.php?bereich=1) werden die Vortragsfolien und zu jeder Vorlesung eine Reihe von Originalarbeiten als vertiefende Lektüre bereitgestellt. Übungsblätter und weiterführende Informationen sind ebenfalls auf der Website verfügbar Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 63 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Computational Chemistry ggf. Kürzel: Bi-B-5 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Computational Chemistry Übung Computational Chemistry Semester: 4. - 6. Semester Bachelor Angebotsturnus: jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Volkhard Helms Dozent(in): Prof. Dr. Volkhard Helms, Dr. Michael Hutter Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Lehrform / SWS: Wahlpflichtmodulelement der Kategorie „Vorlesungen der Bioinformatik“ Vorlesung: 2 SWS Übungen: 2 SWS Arbeitsaufwand: 180 h = 64 h Präsenz- und 116 h Eigenstudium und Bearbeitung der Übungsaufgaben Kreditpunkte: 6 Voraussetzungen: Kenntnisse des Inhalts von Allgemeine Chemie, Organische und Biochemie, sowie Physikalische Chemie Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden werden in der Vorlesung mit den aktuellen Methoden aus dem Bereich Computational Chemistry vertraut gemacht, die in der Bioinformatik zum Beispiel in den Bereichen Virtual Screening und Quantitative Structure Activity Relationships (QSAR) verwendet werden. Sie sollen dadurch fachübergreifende theoretische und praktische Kompetenzen erlangen, sowie Methoden und Ergebnisse aus der Computational Chemistry für den Bereich der Bioinformatik zu verstehen und beurteilen zu können. Dazu lernen die Studenten Kenntnisse und Methoden aus der Chemie auf bioinformatische und biologische Probleme anzuwenden. Eine wichtige Funktion bei der Vertiefung des Stoffes besitzen dabei die wöchentlich zu bearbeitenden Übungsaufgaben: Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 64 - Inhalt: StudienPrüfungsleistungen: Medienformen: Literatur: ein Teil der Aufgaben beschäftigt sich mit einfachen Fragen aus der physikalischen Chemie, die wichtig für den Bereich Molecular Modelling sind. - ein weiterer Teil der Aufgaben dient der Vertiefung des Verständnis der Algorithmen im Bereich der Geometrieoptimierung und dynamischen Simulationen. - im letzten Teil der Aufgaben sollen einfache Algorithmen im Bereich Molecular Modelling von den Studierenden implementiert und deren Performanz getestet werden. Die thematischen Schwerpunkte der Vorlesung liegen in der Molekülmechanik und Einführung in die Quantenchemie soweit sie die Bioinformatik berühren. Dies umfasst folgende Themengebiete: (1) Theorie und Konzeption unterschiedlicher Kraftfeldverfahren. (2) Optimierungsverfahren für molekulare Geometrien. (3) Moleküldynamiksimulationen und ihre Anwendungen auf die Flexibilität und Faltung von Proteinen. (4) Samplingverfahren in Simulationen und konformationeller Raum von Molekülen. (5) Scoringfunktionen für molekulares Docking. (6) Einführung in einfache quantenchemische Verfahren. (7) Aktuelle ab initio, Dichtefunktional und semi-empirische Molekülorbitalmethoden. (8) Solvatationsmodelle zur Beschreibung von Vorgängen in wässriger Lösung. (9) Berechnung, Voraussage und Interpretation von Moleküleigenschaften, Spektren, chemischen Reaktionen und Enzym-Ligand-Bindungsaffinitäten. Bearbeitung von etwa 10 Übungsaufgabenblättern, die im wöchentlichen Abstand zur selbständigen Bearbeitung ausgegeben werden. Klausur: - Zulassung bei Erreichen von mindestens 50 % aller Punkte aus den Übungsaufgaben. - Wiederholungsklausur am Ende der vorlesungsfreien Zeit bzw. Anfang des folgenden Semesters Die Note entspricht der Note der Abschlussklausur, bei Teilnahme an Klausur und Wiederholungsklausur am Anfang des darauffolgenden Semesters gilt die bessere Note . Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Auf der Webseite der Vorlesung (http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching/ss2011/compchem) werden die Vortragsfolien bereitgestellt und die Originalarbeiten als vertiefende Lektüre empfohlen. Lehrbücher: F. Jensen: „Introduction to Computational Chemistry“, WileyVCH, 2006. C.J. Cramer: „Essentials of Computational Chemistry“, WileyVCH, 2002. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 65 Modulelement: Spezialvorlesungen der Bioinformatik Siehe Modulhandbuch Masterstudiengang Bioinformatik, ab Seite 45 Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 66 Modul: Praktikum der Informatik Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Softwarepraktikum ggf. Kürzel: PI-B-1 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung: 2 SWS Praktikum: 4 SWS Semester: 3. Semester (Sommersemesterferien nach 2. Semester) Angebotsturnus: Jeweils in den Sommersemesterferien Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Andreas Zeller Dozent(in): Prof. Dr. Andreas Zeller, Prof. Dr. Philipp Slusallek, Prof. Dr. Holger Hermanns Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Pflichtmodulelement der Kategorie „Praktikum der Informatik“ Lehrform / SWS: Vorlesung 2 SWS Praktikum 4 SWS Teamarbeit in Gruppen bis zu 6 Studierenden Arbeitsaufwand: 270 h = 20 h Präsenz- und 250 h Eigenstudium Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Programmierung 1 und Programmierung 2 (empfohlen) Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden erwerben die Fähigkeit, im Team zu arbeiten und Probleme der Informatik zu lösen. Die Studierenden wissen, welche Probleme beim Durchführen eines Software-Projekts auftreten können, und wie man damit umgeht. Sie können eine komplexe Aufgabenstellung eigenständig in ein Software-Produkt umsetzen, das den Anforderungen des Kunden entspricht. Hierfür wählen sie einen passenden Entwicklungsprozess, der Risiken früher erkennt und minimiert, und wenden diesen an. Sie sind vertraut mit Grundzügen des Software-Entwurfs wie schwache Kopplung, hohe Kohäsion, Geheimnisprinzip sowie Entwurfs- und Architekturmustern und sind in der Lage, einen Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 67 Entwurf anhand dieser Kriterien zu erstellen, zu beurteilen und zu verbessern. Sie beherrschen Techniken der Qualitätssicherung wie Testen und Gegenlesen und wenden diese an. Inhalt: - Software-Entwurf (objektorientierter Entwurf mit UML) - Software-Prozesse (Wasserfall, inkrementelles Modell, agile Modelle) - Arbeiten im Team - Projektplanung und -Durchführung - Qualitätssicherung - Programmierwerkzeuge (Versionskontrolle, Konstruktion, Test, Fehlersuche) StudienPrüfungsleistungen: Erfolgreiches Erstellen im Team eines komplexen SoftwareProdukts, insbesondere - Einreichen der erforderlichen Dokumente - Abnahme des Endprodukts durch den Kunden - Einhaltung der Termin- und Qualitätsstandards Benotung: nein Medienformen: Gruppenarbeit am Rechner Präsentation mit Tafel und Folie Demonstration für den Kunden Literatur: Balzert, Einführung in die Softwaretechnik I + II Gamma et al., Entwurfsmuster Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 68 Modul: Praktika der Biowissenschaften Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Grundpraktikum der Biowissenschaften ggf. Kürzel: PB-B-1 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Grundpraktikum Biowissenschaften Semester: 3. Semester Angebotsturnus: 2 Wochen jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Elmar Heinzle Dozent(in): Prof. Dr. Elmar Heinzle, Prof. Dr. Rita Bernhardt, Prof. Dr. Rolf Hartmann, Dr. Gert-Wieland Kohring, Prof. Dr. Roy Lancaster, Prof. Dr. Claus-Michael Lehr, Prof. Dr. Eckhard Meese, Prof. Dr. Karin Römisch, Prof. Dr. Jörn Walter Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Pflichtmodulelement der Kategorie „Praktika der Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Praktikum: 2 SWS Arbeitsaufwand: 120 h = 30 h Präsenz- und 90 h Eigenstudium Kreditpunkte: 4 Voraussetzungen: Vorlesungen Allgemeine Chemie, Organische Chemie und Biochemie, Molekulare Mikrobiologie Lernziele / Kompetenzen: - Die Studierenden werden mit grundlegenden Techniken der Biowissenschaften vertraut gemacht. Dies beinhaltet das Arbeiten mit Zellen (Säugerzellen, Mikroskopie/Zellstruktur, Zellfraktionierung), mit DNA (Plasmid-Isolierung, DNA-Gelektrophorese), mit Proteinen (Zellfraktionierung/Aktivitätsbestimmung, Proteintrennung, Enzymkinetik, Proteinidentifikation, Kooperativität von Proteinen) sowie Massenspektrometrie (Proteinidentifikation mit MALDI und Datenbanksuche). - Die Studenten sollen einen ersten Einblick in die Arbeitsweisen verschiedener Arbeitsgruppen bzw. – richtungen erhalten. Durch die Durchführung von Experimenten sollen die Studenten der Bioinformatik ein Gefühl für den Aufwand zur Generierung von experimentellen Daten sowie für die mit Experimenten Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 69 verbundenen Fehler bekommen. Inhalt: Das Praktikum wird gemeinsam von 8 Arbeitsgruppen aus den Bereichen Biochemie, Mikrobiologie, Pharmazie, Biophysik und Humangenetik durchgeführt. 1. Zellzüchtung Säugerzellen 2. Mikroskopie/Zellstruktur 3. Zellfraktionierung, Aktivitätsbestimmung 4. Proteintrennung (Gel, Western Blot) 5. Enzymkinetik 6. Proteinidentifikation (MALDI, Datenbanksuche) 7. Kooperativität von Proteinen (O2-Bindung) 8. Plasmid Isolierung, DNA-Elektrophorese StudienPrüfungsleistungen: Durchführung der oben aufgelisteten Praktikumsversuche in Zweiergruppen. Antestat vor der Durchführung jedes Versuchs. Abfassung eines Protokolls und Schlussgespräch. Präsentation der Resultate aus einem Versuch in einer gemeinsamen Schlussbesprechung. Benotung: nein. Leistungspunkte erfordern die erfolgreiche Durchführung aller Versuche. Medienformen: Zu jedem Versuch wird zwei Wochen vor Praktikumsbeginn in einer Vorbesprechung ein ausführliches Skript mit Beschreibung der Grundlagen und der Bedeutung des Versuchs sowie der Anleitung zur Durchführung der Arbeiten als pdf-File zur Verfügung gestellt. Die eigentliche Arbeit erfolgt in verschiedenen biowissenschaftlichen Laboratorien. Benotung: nein Literatur: Bisher existieren keine geeigneten umfassenden Lehrbücher zu diesem Thema. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 70 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Aufbaupraktikum der Biowissenschaften ggf. Kürzel: PB-B-2 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Aufbaupraktikum Biowissenschaften Semester: 5. Semester Angebotsturnus: 2 Wochen jährlich im Wintersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Elmar Heinzle Dozent(in): Prof. Dr. Elmar Heinzle, Prof. Dr. Rita Bernhardt, Prof. Dr. Rolf Hartmann, Dr. Gert-Wieland Kohring, Prof. Dr. Roy Lancaster, Prof. Dr. Claus-Michael Lehr, Prof. Dr. Eckhard Meese, Prof. Dr. Karin Römisch, Prof. Dr. Jörn Walter Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Pflichtmodulelement der Kategorie „Praktika der Biowissenschaften“ Lehrform / SWS: Praktikum: 2 SWS Arbeitsaufwand: 120 h = 32 h Präsenz- und 88 h Eigenstudium Kreditpunkte: 4 Voraussetzungen: Vorlesungen Allgemeine Chemie, Organische Chemie und Biochemie, Molekulare Mikrobiologie, Grundpraktikum Biowissenschaften Lernziele / Kompetenzen: - Die Studierenden werden mit fortgeschritteneren Techniken der Biowissenschaften vertraut gemacht. Dies beinhaltet das Arbeiten mit Zellen und molekularbiologischen Methoden (Regulation von Stoffwechselaktivitäten, Expressionsanalyse mit DNAChips, Fermentation, Mutantenerzeugung), mit Proteomics und Massenspektrometrie (HPLC-ESI Analyse von Proteingemischen), mit der Wirkstoffforschung (Biologische Aktivität von Enzyminhibitoren, Physikochemische Parameter von Enzyminhibitoren und Transport über biologische Barrieren) erhalten. - Die Studenten sollen einen Einblick in die Arbeitsweisen verschiedener Arbeitsgruppen bzw. –richtungen erhalten. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 71 Durch die Durchführung von Experimenten sollen die Studenten der Bioinformatik ein Gefühl für den Aufwand zur Generierung von experimentellen Daten sowie für die mit Experimenten verbundenen Fehler bekommen. Experimenten sollen die Studenten der Bioinformatik ein Gefühl für den Aufwand zur Generierung von experimentellen Daten sowie für die mit Experimenten verbundenen Fehler bekommen. Inhalt: Das Praktikum wird gemeinsam von 8 Arbeitsgruppen aus den Bereichen Biochemie, Mikrobiologie, Pharmazie, Bioanalytik und Humangenetik durchgeführt. - Regulation von Stoffwechselaktivitäten, Beispiel Lysin Biosynthese - Biologische Aktivität von Enzym-Inhibitoren - Physikochemische Parameter von Enzym-Inhibitoren - Transport über biologische Barrieren - Expressionsanalyse mit DNA-Chips - Mutantenerzeugung (PCR) - Fermentation - HPLC-ESI Analyse von Proteingemischen StudienPrüfungsleistungen: Durchführung der oben aufgelisteten Praktikumsversuche in Zweiergruppen. Antestat vor der Durchführung jedes Versuchs. Abfassung eines Protokolls und Schlussgespräch. Präsentation der Resultate aus einem Versuch in einer gemeinsamen Schlussbesprechung. Benotung: nein. Leistungspunkte erfordern die erfolgreiche Durchführung aller Versuche. Medienformen: Zu jedem Versuch wird zwei Wochen vor Praktikumsbeginn in einer Vorbesprechung ein ausführliches Skript mit Beschreibung der Grundlagen und der Bedeutung des Versuchs sowie der Anleitung zur Durchführung der Arbeiten als pdf-File zur Verfügung gestellt. Die eigentliche Arbeit erfolgt in verschiedenen biowissenschaftlichen Laboratorien. Literatur: Bisher existieren keine geeigneten umfassenden Lehrbücher zu diesem Thema. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 72 Modul: Praktika der Bioinformatik Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Softwarewerkzeuge der Bioinformatik ggf. Kürzel: PBI-B-1 ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Vorlesung Softwarewerkzeuge der Bioinformatik Praktikum Softwarewerkzeuge der Bioinformatik Semester: 5. Semester Bachelor Angebotsturnus: jährlich im Sommersemester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Volkhard Helms Dozent(in): Prof. Dr. Volkhard Helms, PD Dr. Michael Hutter Sprache: Deutsch Zuordnung zum Curriculum: Pflichtmodulelement (BI) der Kategorie „Praktika der Bioinformatik“ Wahlmodulelement (CMB) der Kategorie „Praktika der Bioinformatik“ Lehrform / SWS: Vorlesung: 2 SWS Praktikum: 2 SWS Arbeitsaufwand: 270 h = 64 h Präsenz- und 206 h Eigenstudium und Bearbeitung der Projekte Kreditpunkte: 9 Voraussetzungen: Grundkenntnisse von Protein- und DNA-Sequenzen und Proteinstrukturen. Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie "Bioinformatik I" oder "Bioinformatik II" sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Lernziele / Kompetenzen: Diese Veranstaltung ist für Bioinformatiker mit Interesse an bioinformatischen Anwendungen und für interessierte Naturwissenschaftler konzipiert. Die Studierenden werden in der Vorlesung in drei wichtige Bereiche der Bioinformatik eingeführt. Es werden wichtige Software-Tools und deren Anwendungen vorgestellt. In den Tutorien üben die Studierenden unter Anleitung die Bearbeitung einfacher Aufgabenstellungen. Zu den 3 Bereichen muss jeweils ein Mini-Forschungsprojekt in Gruppenarbeit selbständig bearbeitet und die Ergebnisse Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 73 dokumentiert werden. Dabei werden die in den Tutorials eingesetzten Software-Tools eingesetzt. Nach Absolvierung der Veranstaltung sind die Studierenden mit einer Reihe von modernen bioinformatischen Tools und deren Anwendung zur Bearbeitung biologischer Fragestellungen vertraut. Inhalt: Die Vorlesung mit begleitendem Praktikum deckt drei wichtige Bereiche der bioinformatischen Praxis ab: - biologische Sequenzanalyse - Proteinstruktur - Systembiologie, Proteomics. Jedem Bereich werden etwa 4 Vorlesungsdoppelstunden gewidmet. Im ersten Bereich werden populäre Algorithmen zum paarweisen Vergleich von Sequenzen vorgestellt und deren Benutzung im Tutorial geübt. Dann wird das multiple Sequenzalignment am Beispiel von ClustalW vorgestellt. Im Bereich Proteinstruktur wird die Verknüpfung der Bereiche Sequenz - Struktur betont. Im Bereich Netzwerke werden verschieden Ansätze für Zellsimulationen vorgestellt (E-Cell, Virtual-Cell, M-Cell). StudienPrüfungsleistungen: Bearbeitung von drei Mini-Forschungsprojekten zu den drei Bereichen der Vorlesung in Dreiergruppen, die etwa alle vier Wochen ausgegeben werden Zulassung zur Klausur: mindestens 50 % aller Punkte aus Projekten. Benotung: ja Die Note entspricht der Note der Abschlussklausur bzw. der Wiederholungsklausur oder der Kombination aus Abschlussbzw. Wiederholungsklausur und den Projekten (50:50), falls dies die Note verbessert. Medienformen: Die Vorlesung wird als Powerpoint-Vortrag durchgeführt. Literatur: David Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Cold Spring Harbour (2004) Arthur Lesk: Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press (2008) Zusätzlich werden auf der Webseite der Vorlesung (http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching) die Vortragsfolien bereitgestellt. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 74 Modul: Proseminar Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Proseminar über Themen der Bioinformatik ggf. Kürzel: S-B-1 ggf. Untertitel: Wechselnde Titel je nach Thema ggf. Lehrveranstaltungen: Proseminar Semester: 4. Semester (Beispielstudienplan!) Angebotsturnus: Angebote in jedem Semester Modulverantwortliche(r): Der jeweilige Dozent Dozent(in): Dozenten der Bioinformatik Sprache: Deutsch bzw. Englisch Zuordnung zum Curriculum: Pflichtmodulelement der Kategorie „Proseminar“ Lehrform / SWS: Proseminar 2 SWS Arbeitsaufwand: 150h = 32 h Präsenz und 118 h Eigenstudium Kreditpunkte: 5 Voraussetzungen: Keine Lernziele / Kompetenzen: Die Studierenden haben am Ende der Veranstaltung ein profundes Verständnis aktueller oder fundamentaler Aspekte eines spezifischen Teilbereiches der Bioinformatik erlangt. Sie haben Kompetenz im Verstehen einfacher wissenschaftlicher Aufsätze und im Präsentieren von wissenschaftlichen Erkenntnissen erworben. Praktisches Einüben unter Anleitung von - Lesen und Verstehen wissenschaftlicher Aufsätze, - Analysieren, Zusammenfassen und Wiedergeben des spezifischen Themas, - Präsentationstechnik, Spezifische Vertiefung in Bezug auf das individuelle Thema des Proseminars. Thematischer Vortrag, optional kurze schriftliche Ausarbeitung, Benotung: ja typischerweise Folien- bzw. Powerpoint- oder Tafelvorträge Dem Thema entsprechend Inhalt: StudienPrüfungsleistungen: Medienformen: Literatur: Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 75 Modul: Bachelorseminar Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Bachelorseminar über Themen der Bioinformatik ggf. Kürzel: BS-B-1 ggf. Untertitel: ggf. Lehrveranstaltungen: Seminar S1 Praktikum P2 Semester: 6. Semester BSc Angebotsturnus: jederzeit möglich Modulverantwortliche(r): der jeweilige Dozent Dozent(in): Dozenten, die gemäß PO eine Bachelorarbeit vergeben können Sprache: Deutsch oder Englisch Zuordnung zum Curriculum: Lehrform / SWS: Pflichtmodulelement der Kategorie „Bachelorseminar“ Arbeitsaufwand: Seminar 1 SWS Praktikum 2 SWS 270 h Eigenstudium Kreditpunkte: 9 LP Voraussetzungen: Gesamter Pflichtkanon des Bachelorstudiengangs, bis auf Bachelorseminar und –arbeit. Lernziele / Kompetenzen: Im Bachelorseminar erwirbt der Studierende unter Anleitung die Fähigkeit zum wissenschaftlichen Arbeiten im Kontext eines angemessen Themengebietes. Am Ende des Bachelorseminars sind die Grundlagen für eine erfolgreiche Anfertigung der Bachelorarbeit gelegt, und wesentliche Lösungsansätze bereits eruiert. Das Bachelorseminar bereitet somit die Themenstellung und Ausführung der Bachelorarbeit vor. Inhalt: StudienPrüfungsleistungen: Literatur: Auf der Grundlage des "state-of-the-art" werden die Methoden der Bioinformatik systematisch unter Anleitung angewendet. Schriftliche Beschreibung der Aufgabenstellung der Bachelorarbeit. Dem Themengebiet entsprechend in Absprache mit dem Dozenten. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 76 Modul: Bachelorarbeit Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Bachelorarbeit ggf. Kürzel: ggf. Untertitel: ggf. Lehrveranstaltungen: Semester: jederzeit Modulverantwortliche(r): der jeweilige Dozent Dozent(in): Professoren der Fachrichtung, Dozenten, die gemäß PO eine Bachelorarbeit vergeben können Sprache: Deutsch / auf Antrag Englisch Zuordnung zum Curriculum: 6. Semester BSc Pflichtmodulelement der Kategorie „Bachelorarbeit“ Lehrform / SWS: Arbeitsaufwand: 360 h Eigenstudium Kreditpunkte: 12 LP Voraussetzungen: Erfolgreicher Abschluss des Bachelor-Seminars Lernziele / Kompetenzen: Die Bachelor-Arbeit ist eine Projektarbeit, die unter Anleitung ausgeführt wird. Sie soll zeigen, dass der Kandidat/die Kandidatin in der Lage ist, innerhalb einer vorgegebenen Frist ein Problem aus dem Gebiet der Bioinformatik unter Anleitung zu lösen und die Ergebnisse zu dokumentieren. Inhalt: Auf der Grundlage des "state-of-the-art" wird die systematische Anwendung der Methoden der Bioinformatik dokumentiert. Schriftliche Ausarbeitung. Sie beschreibt sowohl das Ergebnis der Arbeit als auch den Weg, der zu dem Ergebnis führte. Der eigene Anteil an den Ergebnissen muss klar erkennbar sein. StudienPrüfungsleistungen: Medienformen: Literatur: Je nach Thema in Absprache mit dem Dozenten Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 77 Sonstige Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Tutortätigkeit ggf. Kürzel: - ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: - Semester: ab dem 2. Studiensemester / Jedes Semester Modulverantwortliche(r): Prof. Dr. Gert Smolka Dozent(in): Qualifizierte Studierende Sprache: Deutsch / English Zuordnung zum Curriculum: ab dem 2. Studiensemester frei wählbar Pflicht für Studierende im Förderprogramm Lehrform / SWS: Übungen 2 SWS Leitung von Übungsgruppen mit bis zu 20 Studierenden Arbeitsaufwand: Ein Tutor unterstützt eine Lehrveranstaltung (typischerweise Grundvorlesung oder Stammvorlesung) über der Zeitraum eines Semesters. Das beinhaltet im Einzelnen: 1. Erlernen der fachdidaktischen Aspekte der jeweiligen Lehrveranstaltung (4h) 2. Moderieren einer wöchentlichen Übungsgruppe (je 90 min) mit etwa 20 Studenten 3. Korrigieren der wöchentlichen Tests, die in den ersten 15 Minuten der Übungsgruppe geschrieben werden. 4. Wöchentliche Beratungsstunden (je 90 Minuten) für die Hörer der Vorlesung 5. Teilnahme an der wöchentlichen Teambesprechung der Vorlesung, an der das gesamte Lehrpersonal teilnimmt (je 45 Minuten) 6. Mitwirkung an der Erstellung der Musterlösungen für die wöchentlichen Übungsblätter (je 90 Minuten) 7. Beantwortung von Fragen zum Vorlesungsstoff und zum Übungsblatt auf der Mailingliste der Vorlesung 8. (60 Minuten pro Woche) 9. Einarbeitung in der Vorlesungsstoff (2 Stunden pro Woche) 10. Erfinden neuer Übungsaufgaben (1 Stunde pro Woche) 11. Klausuraufsicht und Klausurkorrektur (Zwischenklausur, 12. Endklausur, Nachklausur, je 12 Stunden) 13. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 78 Kreditpunkte: 4 Voraussetzungen: Die Tutoren werden vom Dozenten ausgewählt, Voraussetzung ist, dass der Tutor die Lehrveranstaltung mit sehr guter Note absolviert hat und didaktisches Interesse und didaktische Befähigung erkennen lässt. Lernziele / Kompetenzen: Tutoren lernen, wie Lehrveranstaltungen organisiert werden und welche methodischen Ziele dabei verfolgt werden. Sie lernen, komplexe fachliche Inhalte sowohl in einer größeren Gruppe (Übungsgruppe) als auch in individuellen Beratungsgesprächen zu vermitteln. Sie lernen, sich an das unterschiedliche Vorwissen und die unterschiedlichen intellektuellen Fähigkeiten der betreuten Studierenden anzupassen. Sie werden ermutigt, komplexe fachliche Zusammenhänge einfach, prägnant und wirkungsvoll zu vermitteln. Gegebenfalls lernen Sie auch die Vermittlung fachlicher Inhalte auf Englisch. Inhalt: Siehe Arbeitsaufwand und Lernziele StudienPrüfungsleistungen: Der Dozent beobachtet die Tutoren bei ihren Beiträgen zu den Übungsaufgaben (neue erfinden, Musterlösungen fü r bestehende erstellen), bei der Beantwortung fachlicher Fragen auf der Mailingliste sowie der Klausurkorrektur und gibt ihnen Feedback. Der Assistent der Vorlesung besucht jede Übungsgruppe einmal im Semester, gibt den Tutoren Feedback und informiert den Dozenten. Die Studierenden evaluieren ihre Tutoren im Rahmen der Vorlesungsevaluation Medienformen: Papier und Tafel Literatur: Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 79 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Sprachkurs Englisch ggf. Kürzel: ggf. Untertitel: Hängt vom jeweiligen Kurs ab ggf. Lehrveranstaltungen: 2-4 Stunden Seminar, aber auch Kurse mit betreutem Lernen oder unabhängigem Lernen Semester: 1.-5. Semester Modulverantwortliche(r): Dr. Peter Tischer, Leiter des Sprachenzentrums Dozent(in): http://www.szsb.uni-saarland.de/mitarbeiter/ Sprache: Deutsch und Englisch Zuordnung zum Curriculum: Wahl Lehrform / SWS: Seminar mit 2 - 4 SWS, eigenständiges Lernen mit monatlichen Treffen und 4wöchige Intensivkurse mit 4 h Unterricht täglich. Gruppen von 6 – 40 Studierenden 90 h = 30 h Seminar und 60 h Eigenstudium 180 h = 80 h Seminar und 100 h Eigenstudium Arbeitsaufwand: Kreditpunkte: 3 für 2 SWS 6 für 4 SWS 6 für einen Intensivkurs Voraussetzungen: Für Anfänger: keine Obligatorischer Einstufungstest Fortgeschrittenenkurse: Nachweise über belegte Kurse bzw. Gespräch mit dem Dozenten. Lernziele / Kompetenzen: Auf entsprechendem Niveau: - Leseverstehen Hörverstehen Sprechfertigkeit Grammatik Schreibtraining Inhalt: Abhängig vom Kurs Studien- Im allgemeinen Abschlussklausur und Anwesenheit beim Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 80 Prüfungsleistungen: Unterricht (mindestens 80%) Medienformen: Bücher, Beamer, Folien, Tafel, Sprachlabor, Video Literatur: Kursabhängig Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 81 Studiengang: Bachelor Bioinformatik Modulbezeichnung: Industriepraktikum/Auslandspraktikum ggf. Kürzel: - ggf. Untertitel: - ggf. Lehrveranstaltungen: Industriepraktikum/Auslandspraktikum; siehe Erläuterungen in §17 (4) c) der Prüfungsordnung von 2006 für den Bachelorund Maserstudiengang Bioinformatik Semester: in der vorlesungsfreien Zeit im Bachelorstudium, z.B. zwischen dem 4. und 5. Semester Angebotsturnus: ständig Modulverantwortliche(r): Studiendekan Dozent(in): auswärtiger Praktikumsbetreuer Sprache: Deutsch oder Englisch Zuordnung zum Curriculum: Wahlmodulelement - kann nur als zusätzliche (freie) Punkte, aber nicht zum Erfüllen der Mindestpunkte in den Pflichtkategorien eingebracht werden, unbenotet Lehrform / SWS: 8 Wochen ganztags Arbeitsaufwand: 420 h = 320 h Präsenz- und 100 h Eigenstudium (Ein- bzw. Nacharbeitung und Abfassung des Praktikumsbericht) Kreditpunkte: 14 Voraussetzungen: Grundkenntnisse in Bioinformatik empfehlenswert, z.B. entsprechend den Vorlesungen Bioinformatik 1 und 2 Lernziele / Kompetenzen: Als Vorbereitung auf das spätere Berufsleben sollen die Bioinformatik-Studierenden in diesem Praktikum mit der Forschungstätigkeit in einer bioinformatischen Arbeitsgruppe vertraut werden. Die Studierenden sind selbst für die Organisation und Finanzierung des Praktikums verantwortlich. Dadurch erwerben sie Selbständigkeit und üben die Kontaktaufnahme. Idealerweise lernen die Studierenden dabei entweder ein industrielles Umfeld kennen oder erwerben sich durch einen Auslandsaufenthalt bereichernde Einflüsse. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 82 Die Studierenden bekommen Einblick in die Planung und Durchführung eines im Umfang und zeitlich begrenzten Forschungsprojekts. Dies ist eine wertvolle Vorbereitung auf die spätere Anfertigung ihrer Bachelorarbeit. Die Studierenden erwerben Spezialkenntnisse in einem Bereich der Bioinformatik und üben den Umgang mit Betreuern und Kollegen in der täglichen Forschung Bei der Abfassung des Praktikumsberichts üben die Studierenden, ein Projekt zu dokumentieren. Inhalt: Während des achtwöchigen Industriepraktikums soll nach Vereinbarung mit dem Leiter der Arbeitsgruppe ein einschlägiges bioinformatisches Thema bearbeitet werden. StudienPrüfungsleistungen: Bescheinigung durch Dozenten, dass Praktikum erfolgreich durchgeführt wurde und ein Praktikumsbericht verfasst wurde. Der Schein ist unbenotet. Medienformen: Keine. Literatur: Wird von Praktikumsbetreuer zur Verfügung gestellt. Modulhandbuch des Bachelorstudiengangs Bioinformatik der UdS 83