WP12 - ICAR-CNR

WP12
Gruppi impegnati
• Univ. Padova, A. Apostolico,
• Univ. Genova, F. Beltrame,
• CNR Milano, L. Milanesi
WP12
Obiettivi del WP12:
• Fornire requisiti di applicazioni della Bionformatica,
della Biologia Computazionale e della
Neuroinformatica per la definizione e la
realizzazione di una GRID.
• Sviluppare strumenti software per il supporto di
applicazioni della Bionformatica, della Biologia
Computazionale e della Neuroinformatica in
ambiente GRID.
• Ricerca di patterns e di motivi strutturali,
estrazione di informazione
• Gestione di grandi basi di dati multimodali e
distribuite di sequenze genomiche e di
strutture proteiche
• Modellizzazione e visualizzazione remota di
complessi cellulari
• Per nessuna delle applicazioni proposte esiste
attualmente una realizzazione completa ed usabile su
grid.
Attività 1 Proteomica (A. Apostolico)
Ricerca e confronto di proteine
• Task 1. Progetto e sviluppo di nuovi metodi per il
confronto di proteine e per la ricerca di motivi
strutturali
• Task 2. Integrazione di metodi esistenti operanti a
livello di strutture secondarie con i metodi di cui al
punto 1.
• Task 3. Visualizzazione remota di dati proteici
• Task 4. Contribuzione alla messa a punto di un
portale web SS-PROTEIN-GRID all’interno di GRIDIT.
Scheduling
Attività
Task 1
Anno 1
Anno 2
Anno 3
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Task 2
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Task 3
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Task 4
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Deliverables
Primo anno
• Deliverable 1: Distributed and integrated protein
comparison algorithms
• Deliverable 2 : Development of a prototype using
Globus
• Deliverable 3 : Results of Visualization of proteins
Personale
• Alberto Apostolico, DEI, UNIPD,5mm,Tasks:1,2,4
• Carlo Ferrari, DEI, UNIPD, 15mm, Tasks:1,2,3,4
• Concettina Guerra, DEI, UNIPD, 3mm,1,2,3,4
Budget
• Budget DEI-UNIPD = 174,5 K
• Budget trattenuto da INFN per assistenza DEI 37,5 K
• Budget trasferito da INFN a DEI-UNIPD = 174,5 – 37,5 = 137 K
* Year 1: Funzionamento: 31,75k
* Year 2: Assegno di Ricerca, 21K,Funzionamento: 32K
* Year 3: Assegno di Ricerca, 21K , Funzionamento: 32K
Attività 2 Neuroinformatica
(F. Beltrame)
• Task 1. Implementazione di un nodo computazionale
basato su tecnologia GRID presso l’unità di ricerca
• Task 2. Ricerca, installazione e analisi dei principali
database proteici, nucleotidici, cristallografici e specifici
(Alzheimer e Parkinson). Studio e sviluppo di nuove
interfacce web per l’accessibilità dei dati. Studio e
realizzazione di test di accessibilità ai dati sia locali che
su griglia
• Task 3. Ricerca di software per la realizzazione di modelli
biologici, successivi test di performance su nodo GRID
locale e rete GRID nazionale
• Task 4. Contribuzione alla messa a punto di un portale
web NEURO-GRID all’interno di GRID-IT.
Scheduling
Deliverables
• Deliverable 1 : Installation of a user interface:
description, material, methods, guidelines for future
installations.
• Deliverable 2 : Results of using GRID network for the
development of new models in neurosciences
• Deliverable 3: Integration of heterogeneous data
about neuroscience on the GRID
Personale
• Francesco Beltrame , Professor, 3mm,Tasks: 1-2-3-4
• Vincenzo Tagliasco , Professor, 2mm, Tasks: 2-3
• Giovane Ricercatore, 17mm, Tasks: 1-2-3-4
Budget
* DIST-UNIGE = 174,5 K
* Budget trattenuto da INFN per assistenza DIST 37,5 K
* Consulenza giovane ricercatore (young researcher)  costo per 17
mesi uomo 49.753
* Overhead  52.783
* Missioni  17.344, Equipment  20.000, Totale = 178.100
• Rd&RA  41.100
• Finanziamento = 137K
Attività 3 Genomica (L. Milanesi)
• Task 1. Progetto e sviluppo di nuovi metodi per
la predizione di geni e per la ricerca di segnali
funzionali.
• Task 2. Realizzazione di una workflow basato
su tecnologia GRID.
• Task 3. Integrazione con programmi utili
all’analisi di sequenze.
• Task 4. Realizzazione di una portale WEB
basato su tecnologia GRID.
Scheduling
Attività
Task 1
Anno 1
Anno 2
Anno 3
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Task 2
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Task 3
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Task 4
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Deliverables
• Deliverable 1 : Installation of a user interface:
description, material, methods, guidelines for future
installations
• Deliverable 2 : Implementation of programs for analysis
of genomic data on the grid
• Deliverable 3: Implementation
searching motifs on the grid
of
programs
for
Personale
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•
Di Carlo Michela, ITB-CNR, 3 mm, Task:2
Rovida Ermanna, ITB-CNR, 3mm, Task:3-4
Hatton, John, ITB-CNR, 3 mm, Task: 2
Vesely Sara, ITB-CNR, 4, Task:3
Budget
* Budget ITB-CNR = 199.5K
* Budget trattenuto da INFN per assistenza DEI 37,5 K
* Year 1: Assegno ricerca, 30K,
* Funzionamento: 18,6k
* Year 2: Assegno di Ricerca, 30K , Funzionamento: 26,7
* Year 3: Assegno di Ricerca, 30K ,Funzionamento: 26,7K