Document

Corso
Strategie di ricerca bibliografica e
metodologia di sviluppo di linee guida
Livorno, 7 dicembre 2013
Affrontare la ricerca in Internet:
motori di ricerca, banche dati
e terminologia
Maurella Della Seta
[email protected]
Settore Documentazione
Istituto Superiore di Sanità – Roma
1
Istituto Superiore di Sanità - ROMA
2
Sito dell’ISS www.iss.it
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Compiti istituzionali del Settore Documentazione
 Fornire il supporto informativo ai ricercatori dell’ISS attraverso
collegamenti online ai principali host computer che gestiscono
centinaia di archivi a carattere scientifico
 Costituire il punto di riferimento nazionale per il sistema MEDLARS,
insieme di fonti d’informazione in formato elettronico, sulla
biomedicina prodotto dalla National Library of Medicine (NLM) di
Bethesda (USA)
 Promuovere la diffusione in Italia, del MEDLARS tra il personale del
SSN, attraverso corsi di formazione e di aggiornamento
 Recuperare, per conto dell’utenza italiana, documenti non
disponibili nel nostro Paese, posseduti dalla NLM
Produrre e gestire archivi elettronici
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www.iss.it/sdoc
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Collaborazione con il SNLG
http://www.snlg-iss.it/
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Contenuto della lezione
• L’informazione disponibile in Internet
caratteristiche; esempi di risorse in rete nel settore
della biomedicina
• Caratteristiche dei motori di ricerca
• Introduzione al PubMed
• Il thesaurus MeSH
• La traduzione italiana dei MeSH
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Fonti informative in medicina
1) Le fonti tradizionali dell’informazione
• Contatti con colleghi esperti
• Manuali come l’informatore farmaceutico
• I trattati o libri di testo
• Riviste
2) Le banche dati biomediche
• PubMed (Medline)
• Embase
• Cinahl
3) Motori di ricerca - Internet
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Applicazioni di Internet in medicina
• Ricerca di informazioni
• Accesso a servizi
• Trasmissione
di file
• siti web, banche dati,
cataloghi
• e-mail, liste di
discussione
• testi, immagini
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Il web 2.0 (1)
• Affermatosi negli ultimi anni, il concetto di web 2.0
si riferisce a un web dinamico, frutto della
collaborazione, della condivisione e della discussione
tra più persone
• Le applicazioni del web 2.0 (podcast, wiki, blog, RSS
feed, social network) possono essere di supporto
alla didattica e all’aggiornamento in medicina
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Il web 2.0 (2)
• La prima fase di crescita del web si è basata
prevalentemente sull’inserimento di informazioni online e
sullo sviluppo di strumenti di ricerca atti a reperirle con
semplicità e facilità.
• La fase attuale, conosciuta sotto il nome di web 2.0 consiste
soprattutto nello sviluppo di collegamenti tra le persone. Il
concetto di web 2.0, affiancatosi al web tradizionale, è
stato, infatti, definito come “architettura della
partecipazione”, in quanto implica un ruolo attivo di
condivisione e collaborazione da parte dell’utente nella
produzione e diffusione dell’informazione in rete.
• Un altro termine usato per definire il web 2.0 è quello di
social networking, una rete sociale che riunisce le persone
in un ambiente dinamico e creativo, i cui utenti possono
incontrarsi, discutere, scambiarsi documenti, immagini e
opinioni.
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Caratteristiche dell’informazione
distribuita in Internet
•
Fluidità
– le pagine web sono continuamente modificate, trasformate,
aggiornate e rimosse
•
Fossilizzazione
– mancato aggiornamento; link vuoti
•
Disintermediazione
– Passaggio diretto dall’autore al lettore
•
Assenza di confini spazio-temporali e di percorsi predefiniti
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FONTI DI INFORMAZIONE
Documenti primari
Carattere formale: libri, periodici,
manuali, rapporti, brevetti, ecc.
Carattere informale: comunicazione
a congressi, lettere all’editore, preprint,
letteratura grigia
Documenti secondari
Bibliografie
Cataloghi
Dizionari
Enciclopedie
Repertori (farmaci, sostanze chimiche,
medici, istituzioni)
Documenti terziari
Bibliografie di bibliografie,
repertori di basi di dati, ecc.
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Esempi di documenti
• documento primario: testo completo di un articolo disponibile
in Internet.
Luciano JS, Stevens RD e-Science and biological pathway
semantics. BMC Bioinformatics. 2007 May 9;8 Suppl 3:S3.
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/S3/S3
• documento secondario: record catalografico del catalogo di
una biblioteca http://www.iss.it/site/SebinaOpac_iss/Opac
• documento terziario: repertorio di risorse Internet
DFP Documentazione di fonte pubblica in rete
http://dfp.aib.it/index.php
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Motori di ricerca
• Programmi presenti in Internet che catalogano
automaticamente le pagine Web e forniscono agli
utenti uno strumento di ricerca attraverso l’uso di
parole chiave.
• La ricerca avviene fornendo al programma una o
più parole chiave
• Il risultato è costituito da un elenco di indirizzi URL
accompagnato da una breve descrizione delle
pagine corrispondenti
• Nelle modalità di ricerca avanzata si possono
utilizzare gli operatori logici per combinare tra loro
i concetti; cercare parole adiacenti (in genere
utilizzando le virgolette “ “); escludere siti che
contengano particolari parole chiave.
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Caratteristiche di Google
www.google.it
• Seleziona i risultati di ricerca valutando l'importanza di ogni
pagina web con metodi matematici – Page Rank: controlla
non solo il contenuto della pagina web, ma verifica anche i
link verso la pagina: in base alla quantità ed al tipo di link, la
pagina riceve una valutazione più o meno alta.
• Velocità di esecuzione
• Grandezza dell’archivio che ha miliardi di pagine censite nel
proprio indice
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Operatori logici
(OR - AND - NOT)
L’operatore “OR” seleziona i record contenenti
almeno uno dei termini di ricerca
Milk(A) OR Cheese(B)
(maggior rendimento quantitativo)
L’operatore “AND” seleziona i record
contenenti entrambi i termini di ricerca
Hepatitis B(A) AND Italy(B)
(minor rendimento quantitativo)
L’operatore “NOT” esclude tutti i record
contenenti il termine preceduto da NOT
Cough (A) NOT Child(B)
(minor rendimento quantitativo)
Milk
Hepatitis
Cough
Cheese
Italy
Child
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17
Ricerca avanzata in Google
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Funzioni di ricerca avanzate
• Limitare la ricerca alle pagine contenute in un sito
Web specifico
• Limitare la ricerca alle pagine aggiornate dopo una
certa data
• Ricercare solo le pagine disponibili nella lingua
selezionata o in un’area geografica
• Ricercare i termini in un dato punto della pagina
web
• Tipo di file o risultati condivisibili liberamente
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Funzione define in Google
• Per visualizzare la definizione di una parola o di una frase digitare
define: seguito dal termine.
• Ad esempio define:linea guida
• Risultato trovato all’interno di glossari, dizionari…
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Definizione di linea guida
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Scioglimento degli acronimi
•
•
•
•
Disponibile per gli acronimi inglesi
Digitare l’acronimo seguito da stands for
Ad esempio AGREE stands for
Si ottengono vari risultati, ad esempio AGREE - Advisory
Group in Reliability of Electronic Equipment
• Cercando in ambito medico si ottiene AGREE - Appraisal of
Guidelines Research and Evaluation
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Operatore di troncamento
in Google: * = carattere jolly
• Journal of * cardiology: trova Journal of Interventional
Cardiology e Journal of Invasive Cardiology
• I valori normali di colesterolo sono *
• Avastin is used for *
• Il telefono è stato inventato da *
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NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE BETHESDA, Md, USA
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Esempio di archivio bibliografico (MEDLINE/PubMed)
pubmed.gov
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Collegamento a PubChem
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Oltre l’archivio bibliografico
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Campi considerati nella base di dati bibliografici
 Titolo del periodico, libro ecc. su cui è pubblicato il lavoro
 Titolo della pubblicazione
 Autore/i della pubblicazione
 Indirizzo generalmente del primo autore
 Riassunto effettuato dall’autore in lingua inglese
 Tipo di pubblicazione
 Termini di indicizzazione
 Lingua di pubblicazione
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Introduzione al concetto di thesaurus (1)
• L’interrogazione del PubMed e di altri archivi della NLM si
effettua preferibilmente attraverso i descrittori che
compaiono nel thesaurus MeSH (Medical Subject Headings)
• Thesaurus = vocabolario di termini controllati utilizzati per
rappresentare in forma sintetica i soggetti dei documenti. È
composto da una lista di termini ognuno dei quali
corrisponde ad un concetto o ad una classe di concetti
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Introduzione al concetto di thesaurus ( 2 )
• Il linguaggio controllato del thesaurus rappresenta il punto di incontro
tra l’indicizzatore e l’utente che interroga la base di dati
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Aggiornamento dei descrittori MeSH
I descrittori MeSH sono revisionati ed aggiornati
annualmente sulla base dell’evoluzione delle scienze
biomediche; specialisti di ogni area della
biomedicina effettuano il monitoraggio della
letteratura scientifica e tengono sotto osservazione
le aree emergenti della ricerca
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Composizione del thesaurus Mesh
Il thesaurus MeSH è composto da:
• oltre ventiseimila descrittori principali (main
headings)
• ottantatre sottodescrittori (subheading o
qualifiers )
• oltre duecentomila voci supplementari
(Supplementary Concept Records) , comprendenti
nomi di sostanze chimiche, numeri di registro CAS
etc.
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Categorie in cui sono raggruppati i descrittori nelle MeSH Tree
Structures
•
Anatomy [A]
•
Organisms [B]
•
Diseases [C]
•
Chemicals and Drugs [D]
•
Analytical, Diagnostic and
Therapeutic Techniques and
Equipment [E]
•
Anthropology, Education, Sociology
and Social Phenomena [I]
•
Technology,Industry,Agricul-ture [J]
•
Humanities [K]
•
Information Science [L]
•
Named Groups [M]
•
Health Care [N]
•
Phenomena and Processes [F]
•
•
Publication Characteristics [V]
Biological Sciences [G)
•
•
Geographic Locations [Z]
Disciplines and Occupations [H]
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Filosofia di indicizzazione
• Il documento è indicizzato con il descrittore
MeSH più specifico.
• Specificità
• Ad ogni documento vanno assegnati tutti i
descrittori necessari per esprimerne il
contenuto esaurientemente.
• Indicizzazione
multipla
• 1. Descrittore precoordinato
• 2. Descrittore/Subheading
• 3. Due o più descrittori
• Coordinazione
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1: Ann Ist Super Sanita 1997;33(2):207-11
[Replacement therapy in menopause and risk for breast tumors].
[Article in Italian]
Franceschi S
Servizio di Epidemiologia, Centro di Riferimento Oncologico, Aviano, PN.
The relationship between hormone replacement therapy (HRT) and breast cancer
risk was analysed in a case-control study, conducted in the period 1991-1994 in
six Italian areas, on 2569 patients with breast cancer and 2588 controls. Ever
HRT use was reported by 7.5% of cases and controls (OR = 1.2; 95% CI: 0.9-1.5).
The risk increased with increasing duration of use. There was no clear pattern
of risk with reference to time since starting use, but the OR was significantly
elevated for women who had stopped HRT within the last 10 years; the result was
consistent across strata of identified covariates, and was significantly related
to duration of use. This study confirms the absence of a strong association
between HRT and breast cancer risk, although the risk estimate was above unity
for women who had used HRT for 5 years or longer. However, the risk was
significantly elevated in the short to medium term after use, particularly for
long-term use.
MeSH Terms:
Adult Aged Breast Neoplasms/epidemiology Breast Neoplasms/chemically induced*
Case-Control Studies English Abstract Estrogen Replacement Therapy/adverse
effects* Female Human Menopause* Middle Age Odds Ratio
Risk Factors
PMID: 9470242, UI: 98131018
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Coordinazione dei MeSH
• Avvelenamento da piombo
• Lead Poisoning
• Avvelenamento da
benzene
• Benzene/poisoning
• Asbestosi da esposizione
occupazionale
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• Asbestosis +Occupational
Exposure
Accesso al MeSH Database
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SCHERMATA INIZIALE DEL MeSH DATABASE
Facendo clic sul tasto SEARCH si effettua la ricerca all’interno
del PubMed MeSH Database
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INSERIMENTO DI UN TERMINE DI RICERCA
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SELEZIONE DI UN DESCRITTORE DA AGGIUNGERE
NELL’ APPOSITO SPAZIO (PubMed Search Builder)
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INSERIMENTO DEL DESCRITTORE SELEZIONATO
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Elenco dei subheading disponibili (83)
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Settore Documentazione
Istituto Superiore di Sanità
Settore Documentazione
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Istituto Superiore
di Sanità
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Famiglie di subheading
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Settore Documentazione
Istituto Superiore di Sanità
Settore Documentazione
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Istituto Superiore
di Sanità
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Applicazione dei subheading
tramite MeSH Database
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Selezionare il subheading “therapy” e l’opzione Do not include MeSH
terms found below this term in the MeSH hierarchy.
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Traduzione italiana dei MeSH
• La traduzione italiana dei MeSH è disponibile sul sito
dell’ISS all’indirizzo:
www.iss.it/site/mesh
• L’accesso alla base dati è gratuito.
• Si può ricercare partendo dall’italiano o dall’inglese
• Si può esplorare la struttura ad albero
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Schermata iniziale dei MeSH italiani
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Struttura ad albero dei Mesh
in italiano
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Ricerca di un termine partendo dalla lingua inglese
*heart*
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Risultato della ricerca per il termine
“chorea*”
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Cliccando sul termine nella colonna Cerca in PubMed
si effettua la ricerca sulla base di dati
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Limiti della traduzione
• Non sono stati ancora tradotti tutti i sinonimi,
anche se la traduzione è in via di completamento
• In caso di mancato reperimento di un termine:
– utilizzare l’operatore di troncamento “*” sia a sinistra
che a destra della stringa ricercata
– pensare a possibili sinonimi del termine (ad esempio
cancro, tumore, neoplasia)
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Esempio di ricerca - Epidemiologia delle infezioni da
Herpes Virus in Italia
Il sistema suggerisce i termini di ricerca più appropriati
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Settore Documentazione
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Istituto Superiore
di Sanità
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Articolo a testo completo in formato PDF
Settore Documentazione
Istituto Superiore di Sanità
Settore Documentazione
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Istituto Superiore
di Sanità
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