Nuove diagnostiche molecolari: Gene Dossier

Progr.Num.
35/2009
GIUNTA DELLA REGIONE EMILIA ROMAGNA
Questo giorno Lunedì 26
dell' anno 2009
del mese di
Gennaio
si è riunita nella residenza di
via Aldo Moro, 52 BOLOGNA
la Giunta regionale con l'intervento dei Signori:
1) ERRANI VASCO
Presidente
2) DELBONO FLAVIO
Vice presidente
3) BISSONI GIOVANNI
Assessore
4) BRUSCHINI MARIOLUIGI
Assessore
5) CAMPAGNOLI ARMANDO
Assessore
6) DAPPORTO ANNA MARIA
Assessore
7) GILLI LUIGI
Assessore
8) PASI GUIDO
Assessore
9) RABBONI TIBERIO
Assessore
10) RONCHI ALBERTO
Assessore
11) ZANICHELLI LINO
Assessore
Funge da Segretario l'Assessore
ZANICHELLI LINO
Oggetto: RETE DELLA GENETICA ISTITUITA CON DELIBERA DI GIUNTA REGIONALE N.1267/2002: OFFERTA
DIAGNOSTICA E IMPLEMENTAZIONE DEI NUOVI TEST GENETICI
Cod.documento
GPG/2009/24
pagina 1 di 27
Testo dell'atto
Num. Reg. Proposta: GPG/2009/24
----------------------------------------------------LA GIUNTA DELLA REGIONE EMILIA-ROMAGNA
Richiamata la propria delibera n. 1267 del 22 luglio
2002 di approvazione delle linee-guida specifiche per
l’organizzazione di alcune delle attività di rilievo
regionale Hub and Spoke, tra le quali quelle inerenti le
attività di genetica medica;
Dato atto che con determina del Direttore Generale
Sanità
e
Politiche
Sociali
n.
9758/04
e
successive
integrazioni è stato costituito secondo le previsioni della
delibera di giunta regionale sopracitata il
nucleo di
coordinamento per la rete regionale dei servizi di genetica
medica e ne sono stati nominati i componenti;
Considerato che tra i compiti assegnati al Nucleo dalla
determinazione sopracitata figurano quelli di:
•
Supportare la definizione delle attività di genetica che
presentano una validazione clinica avanzata;
•
Individuare le eventuali carenze
sviluppo delle competenze mancanti;
•
Garantire
la
rispondenza
dei
percorsi
clinico/diagnostici ai requisiti identificati anche a
livello nazionale e internazionale per specifiche
patologie genetiche;
•
Programmare
le
linee
generali
dell’aggiornamento
tecnico-scientifico in campo genetico;
e
il
conseguente
Considerato che si è ravveduto all’interno del nucleo
di coordinamento la necessità di monitorare l’introduzione di
nuovi test genetici nelle strutture facenti parte della rete
istituita dalla Delibera sopra citata;
e
Preso atto che il nucleo di coordinamento ha preparato
approvato
il
documento
“Procedure
e
criteri
per
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l’introduzione di nuovi test genetici nel SSR”,
parte integrante e sostanziale del presente atto;
allegato
Considerato
altresì
che
si
è
provveduto
alla
ricognizione
delle
condizioni
geniche
attualmente
diagnosticabili dalle strutture facenti parte della rete
istituita dalla Delibera sopra citata;
Dato atto del parere allegato;
Su proposta dell’Assessore alle Politiche per la
Salute;
A voti unanimi e palesi
D E L I B E R A
1)
per le motivazioni in premessa indicate, che si
intendono qui integralmente richiamate, di approvare il
documento “Procedure e criteri per l’introduzione di
nuovi test genetici nel SSR”, allegato A parte
integrante e sostanziale del presente atto;
2)
di approvare l’elenco delle condizioni geniche allo
stato attuale diagnosticabili dai Centri della rete Hub
& Spoke per le attività di Genetica medica quale
allegato B, parte integrante e sostanziale del presente
atto;
3)
di pubblicare il presente atto sul Bollettino Ufficiale
della Regione.
- - -
pagina 3 di 27
Allegato A
Procedure e criteri per la introduzione di nuovi test genetici
nel SSR
Per l’introduzione di un nuovo test genetico è necessario presentare al Nucleo di Coordinamento
della Genetica (NCG) un Dossier sul gene da analizzare.
I criteri
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
di valutazione per l’introduzione di un nuovo test sono:
gravità della condizione
prevalenza della condizione
ricercai se atri laboratori extra-regione offrono il test e in caso di risultato positivo
valutazione se in base alla prevalenza sia più utile ed opportuno attivare un nuovo test
oppure indirizzare al centro individuato i campioni da analizzare
scopo del test:
diagnosi; può la diagnosi molecolare eliminare la necessità di eseguire altre indagini
clinico/strumentali indaginose e/o costose;
trattamento; può la diagnosi modificare il trattamento (es:farmacogenetica)
prognosi e management: può il risultato del test modificare lo stile di vita del paziente e/o
della famiglia; esistono sottotipi di patologie che richiedono trattamenti diversi e hanno
prognosi diverse
test pre-sintomatico: può il risultato del test predire con accuratezza la comparsa della
condizione; è il risultato negativo di un test da considerarsi definitivo (non saranno
necessari altri test)
risk assesment: il risultato del test modifica la necessità di eseguire test in altri membri
della famiglia; il test è in grado di definire il modello di trasmissione ereditaria (es retinite
pigmentosa)
caratteristiche del test (sensibilità clinica, specificità, e valore predittivo)
utilità del test: quali possibilità di cambiamento/miglioramento nella gestione clinica del
caso e possibilità o esistenza di procedure alternative
considerazioni etiche, legali e sociali
costo
Le raccomandazioni finali se ammettere o meno un nuovo test nel SSR è responsabilità
congiunta della componente tecnico professionale e gestionale presente nel nucleo di
coordinamento. La decisione finale deve tener conto di tutte le informazioni raccolte i maniera
esplicita e trasparente e deve essere chiaramente esposte anche agli stakeholders.
Il Nucleo deve inoltre decidere se il nuovo test può essere prescritto da medici di base e
specialisti di altre discipline o sola da specialisti di Genetica. Giustificazioni costi e complessità
dell’interpretazione del test e/o necessità di specifica consulenza genetica.
A tale scopo il Nucleo riterrebbe utile che per ogni test fossero chiaramente precisate le
indicazioni cliniche per l’esecuzione dell’esame (vedi foglio da compilare come per alcuni casi di
laboratori all’estero)
Il Nucleo di Coordinamento fortemente raccomanda sia per i vecchi che per i nuovi
test:
1. monitoraggio del numero degli esami/anno
2. monitoraggio delle indicazioni (appropriatezza delle richieste)
3. collegamento con percorsi clinici per consulenza e presa in carico del paziente
con patologia genetica ( i percorsi devono essere definiti e resi espliciti).
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Viene inoltre sottolineata la forte necessità di collegamento con la rete delle patologie
rare al fine di poter integrare le informazioni a disposizione e realizzare un sistema di
riferimento che sappia dare informazioni omogenee e concordi. Inoltre da tale sinergia
si potrebbe realizzare un notevole risparmio evitando spese non conformi da parte
degli operatori del SSR.
Test non eseguiti all’interno della rete;
Test molecolari per patologie genetiche rilevanti sia dal punto di vista clinico che epidemiologico
(condizioni estremamente rare) possono non essere eseguibili attualmente in Regioni e sono
inviate altrove il Italia e/o all’estero.
Vi è dunque necessità di indicare quali e quanti test sono inviati fuori regioni e per quali patologie.
Vi è anche la necessità di rendere espliciti i criteri di scelta dei laboratori a cui inviare un campione
per diagnosi al di fuori della rete
Si propone di istituire un gruppo che possa effettuare la valutazione in merito ai punti sovra esposti
e che in base alle carenza evidenziate possa identificare le patologie per cui sarebbe utile ampliare
l’offerta dei test genetici da parte della rete valutando criteri di incidenza e prevalenza della
patologia a livello territoriale e/o nazionale
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Procedure e criteri per la introduzione di nuovi test genetici nel SSR. Gene Dossier
La richiesta va indirizzata al Nucleo di coordinamento regionale della rete dei servizi di Genetica
Medica che si impegna a dare un parere entro 30 giorni.
Il Dossier deve essere preparato per ogni malattia/gene o per un test specifico. Se esiste più di una
patologia associata al gene è necessario sottomettere due dossier separati.
Ulteriori informazioni possono essere richieste al gruppo di riferimento del nucleo
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Malattia:
Gene:
nome e descrizione
codice OMIM
Nuova procedura analitica
Sostituzione di procedura analitica
Nome del Laboratorio
Responsabile
Firma
Data
Firma
Data
Nome del compilatore
Indirizzo
Telefono
Fax
e-mail
Gene
Nome e descrizione
Spettro di mutazioni testate
Stima della prevalenza
Indicare le fonti
Stima della penetranza
Popolazione target
Indicare la popolazione alla
intende offrire il test vedi nota)
Tecniche usate
quale
si
Debbono essere precisati tempi,
automazione, qualità analitica, migliore nel
caso di modifica di tecnica
Si chiede di oggettivare i parametri di
accuratezza e precisione del test desunti dai dati
della letteratura o meglio dall’esperienza del
laboratorio
Processi di validazione
(specificare come il test è stato validato)
E’
il
test
stato
già
offerto
precedentemente?
(se si indicare il numero di mutazioni
positive e negative rilevate nei campioni
esaminati)
Il laboratorio fornisce già test per
geni/malattia strettamente collegati al
nuovo test? Se si fornire dettagli
Attività del laboratorio
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Quanti test intendi eseguire/anno
Attività extraregione
Quanti test potrebbero essere eseguiti per
pazienti extraregione?
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Rilevanza clinica
Diagnosi
Trattamento
Prognosi e management
Test presintomatico
risk assesment
diagnosi; può la diagnosi molecolare
eliminare la necessità di eseguire
altre indagini clinico/strumentali
indaginose e/o costose;
trattamento; può la diagnosi
modificare il trattamento
(es:farmacogenetica)
Valutazione della ricaduta
assistenziale
prognosi e management: può il
risultato del test modificare lo stile di
vita del paziente e/o della famiglia;
esistono sottotipi di patologie che
richiedono trattamenti diversi e
hanno prognosi diverse
test pre-sintomatico: può il risultato
del test predire con accuratezza la
comparsa della condizione (non
saranno necessari altri test)
il risultato del test modifica la
necessità di eseguire test in altri
membri della famiglia; il test è in
grado di definire il modello di
trasmissione ereditaria (es retinite
pigmentosa)
Caratteristiche del test
Sensibilità e specificità
analitica
Sensibilità e specificità
cliniche
Devono essere basate su dati del
laboratorio dipendendo dalla
metodica/tecnica usata
La sensibilità clinica di un test è la
probabilità che un test risulti positivo
in caso di diagnosi della patologia
La specificità clinica è la probabilità
di avere un test negativo in assenza
di malattia
Il valore positivo predittivo e la
penetranza sono concetti equivalenti
per patologie genetiche da singolo
allele e danno la probabilità di
sviluppare la malattia con test
positivo.
La situazione è più complessa ed ha
implicazioni per la sensibilità clinica,
in caso di eterogeneità di locus o
eterogeneità allelica
Valutare l’eventuale necessità
dell’esecuzione del test in
urgenza
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Analisi dei costi
1.Costo del personale
2.Consumabili
Totale dei costi diretti (1+2)
Ribaltamenti
Totale finale
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Allegato B
Elenco delle condizioni geniche diagnosticabili dai Centri della
rete Hub & Spoke
Attivita’ diagnostiche
(elencate per malattia)
Geni analizzati
- acronimo del gene analizzato
- metodo di analisi e altre informazioni
Sigla Lab
Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
Acondroplasia, AD
codice RNG050 #100800
FGFR3 (fibroblast growth factor receptor 3)
PCR e sequenza Esoni 8 e 11
BO-PSOM
Ipo-Acondroplasia, AD
codice RNG050 #146000
FGFR3 (fibroblast growth factor receptor 3
*134934
PCR e sequenza Esoni 8, 9, 10, 11, 13, 14, 15,
16
BO-PSOM
COMP1 *600310
5 esoni in primo livello, 12 esoni in secondo
livello
14- 30 gg e 21-60gg
BO-PSOM
Pseudoacondroplasia
#177170
Pfeiffer Sindrome #101600
Apert Sindrome #101200
Crouzon S. #123500
Jakson-Weiss S. #123150
Antley-Bixler S. #207410
FGFR2 *176943
FGFR1 *136350
FGFR3 *134934
BO-PSOM
Saethre-Chotzen Syndrome
#101400
TWIST1
PCR e sequenza esone 1
BO-PSOM
Craniofrontonasale
SINDROME #304110
EFNB1 EphrinB1 *300035
PCR e sequenza 5 esoni
BO-PSOM
Costello S.
#218040
HRAS 190020
PCR e sequenza
BO-PSOM
CardioFacioCutanea Sindrome
(CFC) #115150
BRAF
KRAS
PCR e sequenze
BO-PSOM
PTPN11 (protein tyrosine phosphatase, nonreceptor type 11) esoni 1-15
PCR e sequenze
BO-PSOM
Noonan sindrome
codice RN1010 #163950
2° livello in pazienti PTPN11
negativi
SOS1
RAF1
BRAF
KRAS
PCR e sequenze
BO-PSOM
Neurofibromatosis,
Like
Syndrome
611431
SPRED1
PCR e sequenze
BO-PSOM
(CFN)
Noonan sindrome
codice RN1010 #163950
Type 1(NFLS-1)
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Treacher
Collins
Franceschetti
sindrome
#154500 codice RNG040
TCOF1 (TREACLE) *606847
PCR e sequenze 26 esoni
BO-PSOM
CHD7 (chromodomain helicase DNA-binding
protein-7) *608892
37 esoni PCR e sequenze
BO-PSOM
FGFR1
CHD7
PCR e sequenza mutazioni note
BO-PSOM
DHCR7
(7-@
DEHYDRO-CHOLESTEROL
REDUCTASE) *602858
PCR e sequenze
BO-PSOM
Paraparesi spastica ereditaria
AD
SPG4 (spastin)
15 esoni PCR e sequenze
SOLO PER CASI NON SPORADICI
BO-PSOM
Paraparesi spastica ereditaria
(Non SPG4)
PCR marcatori polimorfici e analisi di linkage
SOLO PER CASI NON SPORADICI
BO-PSOM
Emery-Dreifuss X
codice RFG080
Emerin
PCR e sequenza per mutazione nota
BO-PSOM
Sclerosi laterale amiotrofica
(SLA)
SOD 1(tutti gli esoni)
Disponibile SOLO per CASI Familiari
BO-PSOM
Disomie uniparentali
PCR marcatori
segregazione
polimorfici
e
analisi
di
Sindrome di Angelman
PCR marcatori polimorfici
segregazione chr15
e
analisi
di
Sindrome di Prader-Willi
PCR marcatori polimorfici
segregazione chr15
e
analisi
di
Disomia uniparentale (UPD)
cromosomi 7,11,14,15 secondo indicazione
PCR marcatori polimorfici, analisi segregazione
BO-PSOM
Fibrosi cistica
PROFILO A
SENSIBILITA 72%
-CFTR gene
-Reverse dot blot (19+17)
BO-PSOM
Fibrosi cistica
PROFILO B
SENSIBILITA 80%
-CFTR gene
-Reverse dot blot (19+17)+
-REVERSE DOT BLOT 19 ITALIANE
BO-PSOM
Delezioni cromosoma Y
SENSIBILITA 70%
Regioni AFZA, AFB e AZFC cromosoma Y
-PCR multiplex per circa 40 delezioni
BO-PSOM
Nijmegen sindrome AR
#251260
NBS1 (Nijmegen breakage syndrome 1)
PCR e sequenze
BO-PSOM
CGD (Malattia Granulomatosa
Cronica) X #306400 codice
RD0050
CYBB (cytochrome b-245, beta polypep)
OMIM 306400
PCR e sequenze
BO-PSOM
Immunodeficienza
Comune
Variabile
#240500
Ipogammaglobulinemia
Deficit IgA, #609529
TACI (TRANSMEMBRANE ACTIVATOR AND
CAML-INTERACTOR)
ICOS (INDUCIBLE T-CELL COSTIMULATOR)
PCR e sequenze
BO-PSOM
CHARGE sindrome
#214800
Kallmann sindrome
308750
Smith-Lemli-Opitz
(SLOS) #270400
Sindrome
BO-PSOM
BO-PSOM
BO-PSOM
pagina 12 di 27
Agammaglobulinemia, AR
codice RCG160 #601495
mu heavy chain,
Ig-alfa,
Ig-beta,
VpreB,
lambda5
PCR e sequenze tutti gli esoni
BO-PSOM
IperIgM tipo 1
(HIGM1) X-linked
RCG160 #308230
TNFSF5 (CD40 ligand)
PCR e sequenze 5 esoni
BO-PSOM
IperIgM tipo 2 sindrome
(HIGM2) AR #605258 codice
RCG160
AID (activation induced cytidine deaminase)
PCR e sequenze 5 esoni
BO-PSOM
IperIgM tipo 3 sindrome
(HIGM3) AR #606843 codice
RCG160
TNFRSF5 (CD40 receptor)
PCR e sequenze 9 esoni
BO-PSOM
SCID T-B+ AR
codice RCG160 #600802
JAK3, Janus kinase 3
PCR e sequenze
BO-PSOM
X SCID
codice RCG160 #300400
IL2R (interleukin 2 receptor common gamma
chain) CD132
PCR e sequenze
BO-PSOM
XLP
(lymphoproliferative
syndrome) X
codice RCG160 #308240
SH2D1A (SH2 domain protein 1)
PCR e sequenze 4 esoni
BO-PSOM
Glicogenosi tipo IA +232200
G6PC
(glucose-6-phosphatase
activity)
PCR e sequenze
sindrome
codice
Glicogenosi tipo IB +232200
catalytic
BO-PSOM
SLC37A4 (glucose-6-phosphate translocase)
PCR e sequenze
BO-PSOM
Glicogenosi tipo II #232300
ACID ALPHA GLUCOSIDASE
DEFICIENCY, Pompe Disease.
GAA (acid alpha-1,4-glucosidase) 606800
PCR e sequenze
BO-PSOM
Glicogenosi tipo V #232600
McArdle Disease.
PYGM (muscle
608455
PCR e sequenze
BO-PSOM
Neoplasia Endocrina Multipla
(MEN Tipo 2A e 2B)
RET
PCR e sequenze esoni 10, 11 e 16
BO-PSOM
PTEN
(PHOSPHATASE
AND
TENSIN
HOMOLOG) *601728 p16(INK4), p16(INK4A),
p14(ARF)
esoni 2-8
BO-PSOM
CDKN2A
(CYCLIN-DEPENDENT
INHIBITOR 2A) *600160
PCR e sequenze
BO-PSOM
COWDEN DISEASE #158350
HAMARTOMA TUMOR S.
MELANOMA-PANCREATIC
CANCER S. #606719
Retinite Pigmentosa
codice RFG110
glycogen
phosphorylase)
KINASE
RHO (Rodopsina)
RDS (Periferina)
PCR e sequenze tutti gli esoni
SOLO PER CASI Familiari NON SPORADICI
BO-PSOM
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Sindrome di Usher tipo 2
codice RFG110
Usherina 2A, USH2A
21 esoni
BO-PSOM
Sindrome di Usher tipo 2
codice RFG110
2° livello
Usherina 2A, USH2A
53 esoni nella regione 3’ terminale del gene
(alternative splicing)
BO-PSOM
-Connessina 26
-PCR e sequenza
Tutta la regione genomica (2esoni e introni)
BO-PSOM
-Connessina 30
PCR+gel 2 delezioni
BO-PSOM
Sordità non sindromica
mtDNA 12SrRNA
-RFLP PCR 2 mutazioni
BO-PSOM
Emocromatosi
Gene HFE
Analisi
SNPs
Polymorphisms)
Sordità neurosensoriale
sindromica
non
Sordità neurosensoriale
sindromica
non
Omocistinuria
(Single
Nucleotide
BO-PSOM
Gene MTHFR
Primer extension (SnuPe) 2 polimorfismi
BO-PSOM
Diabete MODY tipo 2
Gene GCK
PCR e DHPLC tutti gli esoni (11)
BO-PSOM
Diabete MODY tipo 3
Gene HNF1A
PCR e DHPLC tutti gli esoni (10)
BO-PSOM
APO-E (polimorfismi)
Gene APO-E
Reverse dot blot : 4 polimorfismi
BO-PSOM
Deficit alfa-1 antitripsina
Gene AAT
Primer extension (SNuPe) : 2 mutazioniù
BO-PSOM
S.Turner
GENE SRY+
REGIONE CENTROMERICA DYZ3
BO-2 PSOM
Disgenesia Gonadica 46,Xy
GENE SRY
Tutto il gene
BO-2 PSOM
Deficit di 17 Beta Idrossilasi
GENE HSD 17B3
Tutte le regioni codificanti (11 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Insensibilita’ Agli Androgeni
GENE AR
Tutte le regioni codificanti (8 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Deficit di 5 Alfa Reduttasi
GENE SRD5A2
Tutte le regioni codificanti (5 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Deficit di 21 Idrossilasi
GENE CYP21
Tutto il gene, promotore ed introni compresi
BO-2 PSOM
Deficit di 11 Idrossilasi
GENE CYP11B1
Tutti gli esoni
BO-2 PSOM
Deficit di AMH
GENE AMH
Tutti gli esoni
BO-2 PSOM
pagina 14 di 27
Ipoplasia Surrenale Congenita
associata
a
Ipogonadismo
Ipogonadotropo
GENE DAX1
Tutte le regioni codificanti (2 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Ipogonadismo Ipogonadotropo
GENE GnRHR
Tutte le regioni codificanti (3 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Panipopituitarismo
GENE PROP1
Tutte le regioni codificanti (3 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Panipopituitarismo
GENE HESX1
Tutte le regioni codificanti (4 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Deficit Isolato di GH
GENE h GH-N
Tutte le regioni codificanti (5 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
S. Di Laron
GENE GHR
Tutte le regioni codificanti (9 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
S. Lery Weill
Bassa Statura
(Con Segno Di Madelung)
GENE SHOX
Tutte le regioni codificanti (6 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Resistenza al TSH
GENE TSHR
Tutte le regioni codificanti (10 esoni) e di
splicing
BO-2 PSOM
Resistenza a T3/T4
GENE THR
Tutte le regioni codificanti
splicing
BO-2 PSOM
(8 esoni) e di
Istituto Ortopedico Rizzoli
Osteogenesi Imperfetta (tipo
I, II, III, IV, IIC, IIA), EhlersDanlos
syndrome
VII,
Variation in bone mineral
density,
Caffey
disease,
Cervical
artery
dissection,
Connective tissue weakness,
Dentinogenesis
imperfecta,
Ehlers-Danlos syndrome
Col1A1
DHPLC e sequenziamento
MLPA + RT-PCR
BO-IOR
pagina 15 di 27
Osteogenesi Imperfetta (tipo
I, II, III,IV, IVB, VIIB), Bone
mineral density, Ehlers-Danlos
syndrome (tipo VII B), Marfan
syndrome
(atipica),
dentinogenesi
imperfetta
severa con O.I. molto leggera,
O.I. atipica con ipermobilità
del
giunti
articolari,
osteoporosi
postmenopausale,
O.I./EhlersDanlos crossover syndrome,
Ehlers-Danlos
syndrome
autosomica recessiva forma
cardiaco-valvolare.
Col1A2
DHPLC e sequenziamento
MLPA + RT-PCR
BO-IOR
Multiple epiphyseal dysplasia,
sindrome di Stickler
COL9A1
DHPLC e sequenziamento 38 esoni
BO-IOR
Multiple epiphyseal dysplasia,
Intervertebral disc disease
COL9A2
DHPLC e sequenziamento 32 esoni
BO-IOR
Multiple epiphyseal dysplasia,
Multiple epiphyseal dysplasia
con miopatia, suscettibilità a
Lumbar disc disease
COL9A3
DHPLC e sequenziamento 32 esoni
BO-IOR
Metaphyseal chondrodysplasia,
Schmid
COL10A1
DHPLC e sequenziamento 5 esoni
BO-IOR
Marshall Syndrome,
Stickler Syndrome
Otospondylomegaepiphyseal
dysplasia, Deafness, autosomal
dominant
13,
Stickler
syndrome,
without
eye
involvement,
Micrognathia,
Osteochondrodysplasia, Robin
sequence, Stickler syndrome
II, Weissenbacher-Zweymuller
syndrome
Pseudoachondroplasia,
Multiple epiphyseal dysplasia
(tipo I, RIBBING, Fair bank)
COL11A1
DHPLC e sequenziamento 67 esoni
BO-IOR
COL11A2
DHPLC e sequenziamento 66 esoni
BO-IOR
COMP
HRM e sequenziamento 19 esoni
BO-IOR
Esostosi Multipla Ereditaria
EXT 1
EXT 2
MLPA e RT-PCR 25 esoni
BO-IOR
Meloreostosi
LEMD3
HRM e sequenziamento 13 esoni
BO-IOR
Multiple epiphyseal dysplasia,
Osteoarthritis,
Spondyloepiphyseal dysplasia
MATN3
DHPLC e sequenziamento 8 esoni
BO-IOR
pagina 16 di 27
Prader-Willi
Syndrome
-
Angelman
Regione cromosomica 15q11-q13
MS-MLPA
BO-IOR
Leri-Weill dyschondrosteosis,
Short
stature,
Langer
mesomelic
dysplasia,
Madelung deformity
SHOX
MLPA e RT-PCR 7 esoni
HRM e sequenziamento 7 esoni
BO-IOR
Diastrophic
dysplasia,
Achondrogenesis
1B,
Atelosteogenesis 2, Multiple
epiphyseal dysplasia
SLC26A2
DHPLC e sequenziamento 2 esoni
BO-IOR
Paget disease of bone
SQSTM1
DHPLC e sequenziamento 8 esoni
BO-IOR
Ehlers-Danlos syndrome
COL5A1
DHPLC e sequenziamento 66 esoni
BO-IOR
Ehlers-Danlos syndrome
COL5A2
DHPLC e sequenziamento 54 esoni
BO-IOR
Osteogenesi Imperfetta (forma
rec)
CRTAP
DHPLC e sequenziamento 7 esoni
BO-IOR
Osteogenesi Imperfetta (forma
rec)
LEPRE1
DHPLC e sequenziamento 14 esoni
BO-IOR
Familial expansile osteolysis,
Expansile
skeletal
hyperphosphatasia,
Familial
Paget
disease
of
bone,
displasia
osteolitica
poliostotica,
suscettibilità
all'artrite psoriasica
TNFRSF11A
DHPLC e sequenziamento 10 esoni
BO-IOR
Azienda Ospedaliero-Universitaria di Ferrara
Distrofinopatie
PROFILO A
distrofina
-MLPA (79 ESONI) DELEZIONI/DUPLICAZIONI
FE-PSA
distrofina
-DHPLC (79 ESONI)
FE-PSA
Distrofinopatie
PROFILO C
distrofina
-sequenza
-Tutti i 79 esoni
FE-PSA
Distrofinopatie
PROFILO D
distrofina
-VNTR e linkage,
Distrofinopatie
Profilo E
CGH-distrofina
(tutta la regione genomica 2.6 Mb, delezioni e
duplicazioni)
Distrofinopatie
PROFILO B
FE-PSA
FE-PSA
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Distrofinopatie
PRENATALE
DA
DELEZIONE/DUPLICAZIONE
Distrofina
-VNTR
FE-PSA
Distrofinopatie
DIAGNOSI
DI
MOLECOLARE
-VNTR
FE-PSA
-FMR1 (fragile mental retardation 1 gene)
analisi di frammenti
espansione triplette
FE-PSA
-FMR1 (fragile mental retardation 1 gene)
-Southern, analisi di frammenti)
-regione genomica espansione triplette
FE-PSA
Prader-Willi-Angelman
PROFILO A
15q imprinted region
-Southern blotting,
FE-PSA
Prader-Willi-Angelman
PROFILO B
disomia uniparentale
(vedi VNTR)
FE-PSA
-Connessina 26 GJB2
-PCR e sequenza
Tutta la regione genomica (esoni e introni)
FE-PSA
-connessina 30 GJB6
PCR+gel
Delezione
FE-PSA
-connessina 32 GJB1
PCR e sequenze
(ESONI, promotore, 5’ UTR, introni)
FE-PSA
Dysferlina
Sequenza
- 55 esoni
FE-PSA
Sindrome di Pendred
PROFILO A
pendrina
PCR e sequenze
Esoni 6,7,8,10,19
FE-PSA
Sindrome di Pendred
PROFILO B
pendrina
PCR e sequenze
- 21 esoni
FE-PSA
SOD 1 (tutti gli esoni)
FE-PSA
VNTR
FE-PSA
PCR e sequenza
- 12 esoni
FE-PSA
Sindrome
di
(FRAXA)
PROFILO A
Martin
Sindrome
di
(FRAXA)
PROFILO B
Martin
SESSO
Bell
Bell
Sordità non sindromica
Sordità non sindromica
Charcot Marie Tooth X-linked
Distrofia muscolare dei cingoli
2B (LGMD2B) e miopatia di
Miyoshi
Sclerosi laterale amiotrofica
Disomie uniparentali
Chr 7, 11, 14, 15, 22
Uromodulina-nefropatia
ereditaria AD
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Promotore
globinico
gene
G-Gamma
G-Gamma
promotore
FE-PSA
Delta
FE-PSA
Beta globina
-PCR e sequenze,
- (promotore, esoni, introni)
FE-PSA
Beta globina
Reverse dot blot (RDB)
FE-PSA
Beta globina
-PCR e sequenze, (promotore, esoni, introni)
-Reverse dot blot (RDB)
FE-PSA
Talassemie alfa
PROFILO A
Geni alfa globinici
PCR-RFLP
-delezioni di un gene
FE-PSA
Talassemie alfa
PROFILO B
Geni alfa globinici
PCR-RFLP
-delezione di due geni
-mutazioni puntiformi più frequenti
FE-PSA
Talassemie alfa
PROFILO C
Geni alfa globinici
-sequenza di esoni, parte degli introni
FE-PSA
Talassemie alfa
PROFILO D
Geni alfa globinici
-Triplo Alfa
FE-PSA
Talassemia beta e alfa
Geni alfa/beta globinici
-MLPA DELEZIONI/DUPLICAZIONI
FE-PSA
Fibrosi cistica
PROFILO A
-CFTR gene
-Reverse dot blot (36 mutazioni)
FE-PSA
Fibrosi cistica
PROFILO B
-CFTR gene
-Reverse dot blot (54 mutazioni)
FE-PSA
Fibrosi cistica
PROFILO C
-CFTR gene
-DHPLC tutti gli esoni
FE-PSA
Fibrosi cistica
PROFILO D
-CFTR gene
-Sequenza
FE-PSA
Fibrosi cistica
Prenatale
-CFTR gene
-prenatale
FE-PSA
Fibrosi cistica
PROFILO E
-CFTR
-MLPA DELEZIONI/DUPLICAZIONI
FE-PSA
IperCKemia/distrofia
muscolare
distale,/distrofia
muscolare dei cingoli 1C
(LGMD1C)
Caveolina-3
PCR+gel, sequenza
Tutta la regione genomica
FE-PSA
Talassemia Delta
Talassemia
beta
emoglobinopatie
PROFILO A
e
Talassemia
beta
emoglobinopatie
PROFILO B
e
Talassemia
beta
emoglobinopatie
PRENATALE
e
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Distrofia muscolare congenita
1C
Distrofia muscolare dei cingoli
2I
Fukutin related protein (FKRP)
PCR+gel, sequenza
Tutta la regione genomica
FE-PSA
MeCP2 (methyl-binding protein 2)
-PCR+gel, sequenza
PICCOLE MUTAZIONI
FE-PSA
Sindrome di Rett
PROFILO B
MeCP2 (methyl-binding protein 2)
-MLPA
DELEZIONI-DUPLICAZIONI
FE-PSA
Polineuropatia/cardiopatia
Amiloidotica familiare
TTR (transtiretina)
-PCR+gel, sequenza
FE-PSA
Charcot-Marie-Tooth 1A
HNPP Chr 17
PMP22
-PCR Real Time
DELEZIONE E DUPLICAZIONI PMP22
FE-PSA
Charcot-Marie-Tooth 1A
HNPP Chr 17
PRENATALE
PMP22
-MLPA
DELEZIONE E DUPLICAZIONI PMP22
FE-PSA
Amiotrofia spinale AR
SMN1
-PCR real time
FE-PSA
Amiotrofia spinale AR
PRENATALE
SMN1
-MLPA
FE-PSA
Delezioni cromosoma Y
Cromosoma Y
-PCR multiplex circa 40 delezioni
FE-PSA
Amiotrofia Spinale di Kennedy
Androgen Receptor (tripletta CAG)
-VNTR
FE-PSA
Gene Huntingtina (tripletta CAG)
-VNTR
-Sequenza
FE-PSA
Distrofia muscolari congenite
(Ullrich e Bethlem)
Profilo A
Col6 A1 - 35 esoni
Col6 A2 - 28 esoni
Col6 A3 - 44 esoni
FE-PSA
Distrofia muscolari congenite
(Ullrich e Bethlem)
Profilo B
CGH-Collagene
(tutta la regione
duplicazioni)
Miopatia di Brody
ATP 2A1 (SERCA1)
Sequenziamento
-23 esoni
FE-PSA
Febbre metiterranea
MVK
-mutazione più frequente
FE-PSA
Distrofia di Emery Dreifuss AD
LMNA
FE-PSA
Distrofia di Emery Dreifuss Xlinked
EMERINA
FE-PSA
DIAGNOSTICA RNA
PROFILO A
Distrofina, Brody, Collagene,
Caveolina 3, Disferlina, Calpaina, FKRP, ecc.
- RT-PCR, sequenza mutazioni note
FE-PSA
Sindrome di Rett
PROFILO A
Corea di Huntington
genomica,
delezioni
e
FE-PSA
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Distrofina,
Brody
Collagene6A1
Collagene6A2
Collagene6A3
Disferlina
Calpaina
- RT-PCR, sequenza Tutta la regione trascritta
FE-PSA
MYOTILIN
-10 esoni
FE-PSA
Miopatia SEPN1 relata
SEPN1
-13 esoni
FE-PSA
Miopatia miofibrillare
A-CRYSTALLIN (CRYAB)
-3 esoni
FE-PSA
Miopatia Desmina relata
DESMIN
-9 esoni
FE-PSA
Myopathy, Myofibrillar, ZaspRelated
ZASP (LDB3)
-16 esoni
FE-PSA
Filaminopathy, AD
FILAMIN C
-48 esoni
FE-PSA
DIAGNOSTICA RNA
PROFILO B
Miopatia
miotilina
miofibrillare
da
Myopathy, Reducing Body, XLinked, Childhood-Onset
Myotonia Congenita
Atassie
Atassie
Atassie
FHL1
-5 esoni
FE-PSA
CLCN1
-23 esoni
FE-PSA
KCNA1
SCA 1, 2, 3, 6, 7
Friedreich
FE-PSA
FE-PSA
FE-PSA
Azienda Ospedaliero-Universitaria di Modena
Ipercolesterolemie familiari.
1) Tipo 1- Difetto
Recettore LDL
(FH-Classica)
Ipercolesterolemie familiari.
2) Tipo 2- Difetto
Ligando apo B
(FDB)
Gene recettore LDL
Sequenziamento
MO-AOU
apolipoproteina B
Ricerca due mutazioni missenso
MO-AOU
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3) Tipo-3 Ipercol.
Autos. Recessiva
(ARH)
Gene ARH
Sequenziamento
MO-AOU
4) Tipo-4 Ipercol.
Autos. Dominante
(ADH)
Gene FCSK9
MO-AOU
Ipertrigliceridemie
1) Difetti di Lipasi
Lipoproteica (LPL)
Gene Lipasi Lipoproteica (LPL)
Sequenziamento
MO-AOU
Ipertrigliceridemie
2) Difetti di Attivatore di LPL
Gene apolipoproteina C-II
Sequenziamento
MO-AOU
Ipoalfa lipoproteinemie
1)
Malattia
di
Tangier(Recessiva)
2) Deficienza Familiare di HDL
(FHD)
Gene ABCA1
Sequenziamento
MO-AOU
Ipo/beta Lipoproteinemie
1) Ipobeta lipoproteinemia
Familiare (FHBL)
Gene apolipo-Proteina B ApoB
Sequenziamento
Ipo/beta Lipoproteinemie
2) Abeta lipoproteinemia (ABL)
Gene proteina MTP
Sequenziamento
MO-AOU
Xantomatosi
Cerebro-tendinea
CYP27
Sequenziamento
MO-AOU
Malattia di Niemann-Pick tipo
C
(tipo 1)
Gene proteina NPC1
Sequenziamento
Malattia di Niemann-Pick tipo
C
(tipo 2)
Predisposizione
Tumori Mammella/Ovaio
Profilo 3690
Predisposizione
Tumori Mammella/Ovaio
familiari
Profilo 3692
nei
Gene proteina NPC2
Sequenziamento
MO-AOU
MO-AOU
MO-AOU
Gene BrCa1
Sequenziamento
MO-AOU
Gene BrCa1
Sequenziamento
MO-AOU
Predisposizione
Tumori Mammella/Ovaio
Profilo 3691
Gene BrCa2
Sequenziamento
MO-AOU
Predisposizione
Tumori Mammella/Ovaio
Profilo 3693
Gene BrCa2
Sequenziamento
MO-AOU
Rene policistico dell’adulto
PKD1
Sequenziamento
MO-AOU
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Rene Policlstico dell’Adulto
Gene PKD2
Sequenziamento
MO-AOU
Pseduoxanthoma
Elasticum
Gene ABCC6
Sequenziamento
MO-AOU
Sordita’ Ereditaria
CX26 GENE GJB2
Sequenziamento
MO-AOU
Gene MDR3
MO-AOU
Gene ABCB11
MO-AOU
Gene FSHD
RE: 2, Southern Blot: 1
MO-2 AOU
Gene FSHD
RE: 4, Southern Blot: 2
MO-2 AOU
Gene FSHD
RE: 6, Southern Blot: 3
MO-2 AOU
Gene FSHD
RE: 3, Southern Blot: 3
MO-2 AOU
Gene FSHD
RE: 3, Southern Blot: 2
MO-2 AOU
Gene FSHD
RE: 8, Southern Blot: 4
MO-2 AOU
Sindromi
Ereditarie
Colestatiche
Sindromi
Ereditarie
Colestatiche
Distrofia
Muscolare
Scapolo-Omerale
FSHD PROFILO A
Facio-
Distrofia
Muscolare
Scapolo-Omerale
FSHD PROFILO B
Facio-
Distrofia
Muscolare
Scapolo-Omerale
FSHD PROFILO C
Facio-
Distrofia
Muscolare
Scapolo-Omerale
FSHD PROFILO D
Facio-
Distrofia
Muscolare
Scapolo-Omerale
FSHD PROFILO E
Facio-
Distrofia
Muscolare
Scapolo-Omerale
FSHD PROFILO F
Facio-
SINDROME DA X
-FRAXA- PROFILO A
FRAGILE
Gene FMR1
VNTR
MO-2 AOU
SINDROME DA X
-FRAXA- PROFILO B
FRAGILE
Gene FMR1
RE: 2, Southern Blot: 1
MO-2 AOU
Distrofia Miotonica Tipo1
PROFILO A
Gene DM1
VNTR
MO-2 AOU
Distrofia Miotonica Tipo1
PROFILO B
Gene DM1
Southern Blot
MO-2 AOU
Azienda Ospedaliero-Universitaria di Parma
Fibrosi cistica
DHPLC
PROFILO A
Fibrosi cistica DHPLC
PROFILO B
Gene CFTR
PCR-OLA assay e DHPLC per esone 12
PR-AOUP
Gene CFTR
DHPLC
(Denaturing
Chromatography)
Sequenziamento Diretto
PR-AOUP
High
Performance
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Delezioni cromosoma Y
SENSIBILITA 70%
Cromosoma Y
-PCR multiplex circa 6-8 delezioni
Predisposizione
Tumori Mammella/Ovaio
Gene BrCa1
PR-AOUP
PR-AOUP
Predisposizione
Tumori Mammella/Ovaio
Gene BrCa2
PR-AOUP
Sindrome di Alport
Gene COL4A5 (Collageno)
Sequenziamento Diretto
PR-AOUP
Neurofibromatosi 1
Gene NF1
DHPLC
(Denaturing
Chromatography)
Emocromatosi
Gene HFE
Analisi
SNPs
Polymorphisms)
Emofilia A 1
(Ricerca di inversione introni 1
e 22)
Gene Fattore VIII
Long Range PCR e gel
PR-AOUP
Emofilia A 2
(Diagnosi indiretta)
Gene Fattore VIII
Analisi VNTR
PR-AOUP
Emofilia A 3
(Diagnosi mutazione ignota)
Gene Fattore VIII
DHPLC
(Denaturing
Chromatography)
Febbri Periodiche
(FMF-TRAPS)
High
Performance
PR-AOUP
(Single
Nucleotide
PR-AOUP
High
Performance
Gene FMF
Gene TRAPS
Sequenziamento diretto
Trombofilia (gene fattore V)
Trombofilia (gene fattore II)
Trombofilia (gene MTHFR)
PR-AOUP
PR-AOUP
Gene Fattore V della coagulazione
Analisi
SNPs
(Single
Polymorphisms)
Nucleotide
PR-AOUP
Gene Fattore II della coagulazione
Analisi
SNPs
(Single
Polymorphisms)
Nucleotide
PR-AOUP
Gene MTHFR
Analisi
SNPs
Polymorphisms)
Nucleotide
PR-AOUP
(Single
Azienda Ospedaliera di Reggio Emilia
Sindrome
di
Martin
(FRAXA)
PROFILO Southern
SENSIBILITA 99%
Bell
Sindrome
di
Martin
(FRAXA)
PROFILO PCR
SENSIBILITA 90%
Bell
Prader-Willi-Angelman A
SENSIBILITA 70%
-FMR1 (fragile mental retardation 1 gene)
-Southern, analisi di frammenti
RE-SMN
-FMR1 (fragile mental retardation 1 gene)
-,analisi VNTR
RE-SMN
-15q imprinted region
-Southern blotting,
-VNTR per disomia uniparentale
RE-SMN
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Prader-Willi-Angelman B
SENSIBILITA 70%
-15q imprinted region
-Test metilazione (MS-PCR)
Fibrosi cistica
PROFILO 19+17
SENSIBILITA 72%
-CFTR gene
-Reverse dot blot (19+17)
Fibrosi cistica
PROFILO 21ita
-CFTR gene
-Reverse dot blot (21 italiane)
RE-SMN
Presenza delezioni Y
-PCR multiplex
RE-SMN
Analisi molecolare presenza
sequenze cromosoma Y
Presenza sequenze Y
-PCR
RE-SMN
Analisi
(UPD)
cromosomi 7,11,14,15 secondo indicazione
PCR marcatori polimorfici
RE-SMN
Analisi molecolare
cromosoma Y
disomia
delezioni
uniparentale
RE-SMN
RE-SMN
Legenda SIGLE Laboratorio:
BO-PSOM: UO Genetica Medica Policlinico S.Orsola-Malpighi, Bologna
BO-2 PSOM: UO Pediatria Policlinico S.Orsola-Malpighi, Bologna
BO-IOR: Istituti Ortopedici Rizzoli, Bologna
FE-PSA: Genetica Medica, Policlico S.Anna, Ferrara
MO-AOU: Azienda Ospedaliera-Universitaria, Modena
MO-2 AOU: Azienda Ospedaliera-Universitaria, Tupler, Modena
PR-AOUP: Azienda Ospedaliera-Universitaria, Parma
RE-SMN: Genetica Medica, Policlico S.Maria Nuova, Reggio-Emilia
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Allegato parere di regolarità amministrativa
REGIONE EMILIA-ROMAGNA
Atti amministrativi
GIUNTA REGIONALE
Leonida Grisendi, Direttore generale della DIREZIONE GENERALE SANITA' E POLITICHE
SOCIALI esprime, ai sensi dell'art. 37, quarto comma, della L.R. n. 43/2001 e della
deliberazione della giunta Regionale n. 450/2007 e successive modifiche, parere di
regolarità amministrativa in merito all'atto con numero di proposta GPG/2009/24
data 09/01/2009
IN FEDE
Leonida Grisendi
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Progr.Num.
35/2009
N.Ordine 9
omissis
--------------------------------------------------------------------------------------------------L'assessore Segretario: ZANICHELLI LINO
---------------------------------------------------------------------------------------------------
Il Responsabile del Servizio
Segreteria e AA.GG. della Giunta
Affari Generali della Presidenza
Pari Opportunita'
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